按你的行程，建议第一天游览圆明园、颐和园、清华北大、鸟巢、水立方，这几个景点之间的距离相对较近。
交通方式建议选择地铁加地面公交相结合的方式，既省钱又节省时间。
具体交通建议是这样，因为考虑到鸟巢和水立方你只想在外面的广场照相，如果不想买票进去，那建议晚上去。鸟巢和水立方的夜景是很漂亮的。加上奥林匹克公园的夜景，是拍照的不二选择。但现在夜景照明是否开启我就不是很清楚了。遇重大节日肯定是开的。而且从奥林匹克公园返回你的驻地交通也很方便。
乘车建议：第一站：颐和园
天安门西乘地铁一号线（去往苹果园方向）在复兴门站换乘地铁2号线（内环）在西直门站换乘地铁4号线（去往安河桥北方向）在西苑站下车（A西北口出站），步行可以到达颐和园新建宫门。但步行距离可能稍远，也可在西苑站乘公交952路到达颐和园新建宫门。建议你出园时考虑从颐和园北宫门出园。
第二站：圆明园
颐和园北宫门出乘地铁4号线在圆明园下车（C西南口出站），步行230米至圆明园南门。游览完之后建议还从圆明园南门出园。
第三站：清华大学
从圆明园南门可步行至清华大学西门，距离较近，直接问问路人怎么走就可以了。
第四站：北京大学
从清华大学西北至北京大学东门距离大概800米，步行可以直接到达，也可乘公交614、696等等很多路车到中关园下车。即可到达北京大学东门。建议从北京大学西门出。
第五站：鸟巢、水立方
从北京大学西门乘坐公交运通106路（或333、608、718）在中关村西站换乘运通113（或740、983）在亚运村站下车，步行810米就可以到达鸟巢和水立方。
从鸟巢返回驻地可乘坐地铁8号线（北土城方向）在北土城站换乘地铁10号线（劲松方向）在惠新西街南口站换乘地铁5号线（宋家庄方向）在东单站换乘地铁1号线（苹果园方向）在天安门西下车。（不必担心地铁换乘，北京地铁只要不出站，在地下无论换乘多少次都是2元钱单一票制，无其他收费。也就是说，只要花了两块钱，就可以在北京城地下转上一圈）
地面公交可以选择乘坐82路在天安门东下车。
全天行程景点较多，时间比较紧张，但考虑到你只有两天时间，也只有这样了。
第二天的行程相对轻松很多，你可以早上看升旗，之后去国博、天坛、北海、东单、西单、王府井购物
国博就不用说了吧，就在天安门广场。
天坛乘车路线：从天安门西乘坐地铁1号线或直接步行至天安门东站乘2路到达天坛西门下车
北海乘车路线：天安门乘坐专2路直达
东单、西单、王府井无需过多解释，以天安门为界，东西长安街，往东就是东单，往西就是西单，王府井大街在东单。公交车、地铁很多都经过且停站。
追问非常感谢网友的细心回答，我的问题打少了一个字我还想问“怎么安排先后顺序和早、中、晚饭的时间点地最合理经济省时省力省钱”，即用餐的建议，希望中式快餐类的人均20元，进店就像好一点食堂打饭的感觉就行，十元左右一小份已经做好的菜要上三两份加上主食，一家就能吃好吃饱，当然有特色小吃也很好但太出名又贵又要排队等的不好、要快。请说明一下在第几站附近可以找什么吃早饭，在第几可……吃中饭、……晚饭。十分感谢！
追答北京的餐馆很多，至于像你说的类似于食堂打饭的感觉的大多数快餐店都是这样的，例如：肯德基、麦当劳、国产的例如像庆丰包子铺、老家肉饼、永和豆浆、李先生、真功夫（我不是托，只是暂时就能想起这么多了）等等，这些快餐店都是这样，而且遍布大街小巷。不过像你说的在第几站附近吃什么饭这个问题还真不好回答，因为旅游的随机性很大，你不能保证在哪都有餐馆。但可以肯定的是，在北京吃饭真不是什么难事。价钱方面，像KFC一类的就不用细说了。像庆丰包子等等一类的快餐基本人均也就在10多块钱一份，且吃饱没问题。北京的特色小吃，正宗的像全聚德、都一处、月盛斋、稻香村等等。这几家都在前门大街有店面。价钱上偏贵。不过要想尝尝价格还是可以接受的。例如全聚德吧，可以不进店，在它外面的外卖直接买只北京烤鸭，价钱好像是80多块钱一只吧。像都一处可能会有短时间的排队。晚饭你可以考虑东华门小吃一条街，就在你的驻地附近，步行也就几分钟。那里的特色小吃很多。