宝应县发展和改革委员会的内部机构设置如下：
1. 办公室：同时挂有“监察室”和“县国防动员委员会经济动员办公室”的牌子，负责日常管理和监督工作。
2. 经济综合科：设有“发展规划科”，致力于全县经济发展战略规划和协调工作。
3. 社会发展科：负责社会事务管理和协调，关注社会公平与和谐发展。
4. 农村经济科：挂有“县农业产业化办公室”牌子，关注农村经济的振兴与农业现代化。
5. 工业科：包含高技术产业科、对外经济贸易合作科和能源科，主要负责工业领域的政策制定和国际交流。
6. 服务业发展科：致力于推动服务业发展，提升经济结构的多样性。
7. 固定资产投资科：设有“重大项目办公室”，负责重大项目审批和投资管理。
8. 改革科：挂有“财政金融科”牌子，承担经济体制改革和金融政策的研究与实施。
9. 行政服务科：提供高效便捷的行政服务，优化行政管理流程。
10. 对口支援科：即“经济合作科”，负责区域间经济合作与援助工作。