在PKPM设计中，主梁与次梁的输入方式有所不同，这影响了它们在计算和绘图上的处理。首先，次梁在主菜单1中与主梁一起输入，形成大量无柱联接节点，导致梁根数和节点数增加，房间单元较小且数量众多。而在主菜单2的“次梁布置”菜单中，次梁以房间为单元输入，节点和房间数量减少，有利于大型工程的处理。
在程序处理上，两种输入方式有明显差异。在主菜单1（当主梁输）中，楼板荷载直接传导到主梁，形成交叉梁系分析；而在主菜单2（当次梁输）中，荷载先传到次梁再分配，房间范围内的次梁被视为简支。这导致导荷方式的局部结构有所不同，且在计算模式上，次梁按空间整体计算（主菜单1）或二维连续梁（主菜单2）进行。
在梁的连接上，主菜单1中的次梁与主梁刚接，传递弯矩和扭矩，而主菜单2中的次梁铰接，仅传递竖向力。此外，主菜单2的次梁支座负弯矩调幅可读取用户设定，而施工图绘制时，主菜单1的次梁支座处理更为复杂，可能需要人工干预修改。
对于活荷载布置，主菜单1输入的次梁可能导致活荷计算繁琐，而主菜单2输入的次梁则简化了这一过程。同时，楼板配筋时，主菜单1中的小房间可能导致不合适的钢筋配置，建议采用通长配筋方式。
次梁在主梁的上部，主要起传递荷载的作用。在主梁和次梁的交接处，可以把主梁看成是次梁的支座（固定支座）。次梁的钢筋伸入主梁的长度只要满足锚固长度的要求即可。钢筋的锚固长度与梁的跨度无关，只与钢筋的抗拉设计强度、混凝土的抗拉设计强度及钢筋的直径和外形有关。