耕战政策和已法治国，是商君政治思想的二大支柱。政治上追求的目的是“治”、“富”、“强”、“王”。他提出的耕战好法治二大政策，不是凭空想出，而是对历史、现状的总结和分析所能得出的结论。这涉及到他的政治思想的理论基础，通观《商君书》，有三个最基本的理论。
1.历史进化思想。《商君书》的最为重要的贡献是提出了历史进化理论。这是中国思想史上第一次用分期的方法分析了历史的进程，并得出今胜于昔的观点。尤其值得注意到是，商君认为历史进化的原因、动力不是在社会外部，而是由社会内部的矛盾引起的。贤者、圣人是一个时代的开创者，又是社会矛盾发展到一定阶段才出现的，他们是应运而生的。这理论像一把锋利的宝剑，斩断了一切迂腐守旧、死抱历史僵尸不放的陈词滥调，为变法改制提供了最有力的论据。改革必须向现实开刀。
2.人性好利说。人们的一切社会活动都是为了追求名利。这种说法十分中肯，切中了战国时期的土地所有制由原来的“公”有向私有迈进的时代脉搏。商君教导君主要懂得这个政治诀窍，就是利导。
3.力的原则。社会政治关系在很大程度上是由力量 的对比决定的。孔子罕言“力”，说明“力”时代已向他袭来，他只不过采取了视而不见的政策。墨子明确提出“力”的概念，并论述了它在政治中的作用。商君是“力”极力讴歌者，指出当今这个时代是以“力”的较量为时代特征的。进而提出，力量是提高国家和君主地位的最主要的凭借，力量不是从天上掉下来的，是君主用赏罚换取民众之力而来的。
进化、利益、力量三者构成了商君的主要政治理论的基础。由进化论得出的结论是改革，不改革就没有出路。但是改革必须切中时代的脉搏，抓住民众的意愿，这就是利益。商君并不是为广大人民谋福利，而是以利益为诱饵，从民众中激出巨大的力量，一方面用来打击敌国、争霸，另一方面又施于民众，使民众接受统治。这三者是一个有机体。
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