肇州历史悠久，源远流长。自古以来就是我国北方各族人民繁衍、生息、劳动之所。古之
契丹、女真、蒙古等少数民族多聚于此，至今已有800多年历史。肇州、肇源、肇东通称“三肇”，过去它们同是肇州管辖地，是黑龙江省建制最早的地方之一。“肇州”一名的由来与一次著名的古战役有关。辽代天庆四年，即公元1114年，
女真族首领
完颜阿骨打率部在反辽起义中
连战连胜，其中的出河店之战是在现在的肇源茂兴镇进行的。在这次战役中，3700名女真士兵一举击溃了10万辽军，奠定了
金国建国的基础。为了纪念这一胜利，金统治者于金天会8年，即公元1130年在此地建州，命名为“肇州”，这里的“肇”是开始的意思。当时的肇州管辖着南至松花江、北至今嫩江县约5万平方公里的地区。此后，元、明、清历代都在这里设立管辖机构，光绪三十二年（1906年）设置肇州厅，民国二年（1913年）改肇州县，隶属黑龙江省龙江道。民国十八年（1929年）废除道制，县归省直辖。伪
康德元年（1934年）十二月，由原黑龙江省划归滨江省管辖，民国三十四年（1945年）东北光复后，民国三十六年（1947年），肇州县划属嫩江省管辖。建国后，肇州县曾先后隶属于松花江地区和绥化地区，1992年划归大庆市管辖。