因为兰花茎腐病较难治愈，要从预防开始，夏秋季是易发病期，气候环境高温多雨，湿度较大，兰花极易感染病菌。因此应多开窗通风，保证空气流动性。盆土不要过湿，多用有机肥。还要经常杀菌消毒，从初夏开始每周用多菌灵、菌毒清等专门的杀菌药剂喷洒整株兰花以及周边环境。
对于已经感染茎腐病的兰花：
1首先应将整盆兰花取出，洗净，然后切掉所有的病株，用刀片将腐朽的部位进行修补。然后将兰花放入灭菌药剂中浸泡一小时后放在阴凉处晒干。
2再将调成膏状的甲霜灵锰锌调成糊状，抹在兰花的茎部，晾晒。
3最后可以用消毒过的水草将兰花的假鳞茎包裹住，用新的花盆和土壤重新栽培。
4重栽后不要立即浇水，也不要晒太阳，将其独自放在通风处。三天后，可以用链霉素配上清水浇透。此后，每个月再用灭菌药剂浸泡整株