1956年4月1日依照《人民法院组织法》规定，根据省高级人民法院的指示，经批准，撤销福州市人民法院，福州市中级人民法院正式成立，院长、副院长各1人，1957年又增副院长1人，院址仍旧。市中级人民法院设刑事审判庭、民事审判庭、办公室、人事科。
1957年1月，成立以院长王志洁等7人组成的审判委员会。同年7月，人事科并入办公室。另设立司法行政科。
1958年3月，任命院长1人、副院长2人。
同年6月，司法行政科并入办公室。遵照上级指示，1959年6月将原省司法厅管辖的福州市法律顾问处划归市中级人民法院；同年9月，将原属省司法厅管辖的福州市公证处并入市中级人民法院办公室，对外仍保持福州市公证处名称。
1960年1月，任命代院长、副院长各1人。2月，复设司法行政科。市中级人民法院成立初期编制58人，至1966年“文化大革命”前实有30人。
1966年“文化大革命”爆发后，市中级人民法院被“造反派”组织冲击。
1967年1月24日，在上海“一月风暴”的影响下，市中级人民法院的领导权被院内的“造反派”联合组织非法夺去。
1968年3月，中国人民解放军福州市公检法军事管制委员会成立，并派出军管小组对市中级人民法院实行军事管制，取代法院的全面工作。
同年11月，福州市革委会人民保卫组(后改为市革委会政治处人民保卫组)成立，下设办案组(后改为审批组)，接替法院的刑事审判工作，民事诉讼工作划归市革委会政治处民事组负责。
1970年2月，原市中级人民法院在职30名干警参加市公检法学习班学习后，下放24人，调外单位2人，退休1人，留在市公检法军管会的仅书记员1人、通讯员1人、炊事员1人。
1972年10月15日，复设福州市中级人民法院，人员编制29人。
1973年11月，任命院长、副院长各1人。至1976年底，全院在编人员32人。初期设刑事审判庭、民事审判庭和办公室。院址初设在鼓楼区津门路21号，1974年5月迁往市革委会招待所，1976年2月又迁至鼓屏路13号。1977年7月，增配副院长1人。
1978年中共十一届三中全会以后，市中级人民法院内设机构逐步健全，人员不断增加。
1980年6月，成立由院长阮秀中等7人组成的审判委员会。
1981年8月，增配副院长1人。
1983年4月，任命院长1人、副院长2人，1985年10月，任命代院长1人、副院长2人。
1988年6月，任命院长1人、副院长2人，1991年10月，增配副院长1人。
至1994年底，院内设9庭2处3室1队1部。全院共有干警229人，其中院长1人、副院长3人、审判员93人、助理审判员75人、法警10人、其他行政人员47人。
