艾滋病病毒从感染到发病有一个完整的自然过程，临床上分为四个阶段：急性感染期、潜伏期、早期艾滋病和典型艾滋病。不是每个感染者都有完整的四期，但是每个病期的患者在临床上都可以看到。四个时期不同的临床表现是一个渐进的、连贯的发展过程。
1.急性感染期
窗口期也在这个时候。艾滋病病毒侵入人体后对物理刺激的反应。患者有发热、皮疹、淋巴结肿大、乏力、出汗、恶心、呕吐、腹泻、咽炎等。还有一些急性无菌性脑膜炎，表现为头痛、神经症状和脑膜刺激征。外周血检查，白细胞总数正常，或淋巴细胞减少，单核细胞增多。在急性感染期，症状往往较轻，容易被忽视。当这种发热等身体不适症状出现约5周后，血清HIV抗体可呈阳性。此后，临床上出现了相对健康和无症状的潜伏期，长短不一。
2.潜伏期
感染者可能没有临床症状，但潜伏期不是休眠期，更不是安全期。病毒不断繁殖，破坏力极强。潜伏期意味着艾滋病毒感染始于艾滋病的临床症状和体征。艾滋病的平均潜伏期现在被认为是2-10年。这使得患者的早期发现和预防非常困难。
3.艾滋病早期
潜伏期过后，开始出现与艾滋病有关的症状和体征，直至发展成艾滋病的典型时期。在此期间，有许多名称，包括\'艾滋病相关综合征\'，\'淋巴结相关综合征\'，\'持续性全身性淋巴结病\'，\'艾滋病前期综合征\'等。此时，患者具有艾滋病最基本的特征，即细胞免疫缺陷，但症状较轻。主要临床表现有：
(1)淋巴结病
最重要的早期临床表现之一。主要是浅表淋巴结肿大。发生部位多见于头颈部、腋窝、腹股沟、颈背部、耳前、耳后、股淋巴结、颌下淋巴结等。一般至少有两个部分，有的多达十几个。肿大的淋巴结对一般的治疗没有反应，往往会持续肿胀半年以上。约30%的患者临床上有浅表淋巴结肿大，无其他全身症状。
(2)全身症状
患者通常有病毒性疾病的症状，如全身不适和肌肉疼痛。约50%的疾病有疲乏无力和周期性低热，通常持续数月。盗汗，一个月5次以上。大约三分之一的患者体重减轻了10%以上。这种减肥不能简单用发烧来解释，补充足够的热量也控制不了减肥。有的患者出现头痛、抑郁或焦虑，有的患者感觉神经病变，可能与病毒侵入神经系统有关，有的患者可能出现反应性精神障碍。四分之三的病人可能会有脾脏肿大。
(3)各种感染
除上述浅表淋巴结肿大和全身症状外，患者常伴有各种特殊或反复发作的非致命性感染。反复感染会加速病情发展，使其进入典型的艾滋病期。大约一半的患者有严重的足癣，通常是单侧的，并且对局部治疗缺乏有效的反应。葡萄球菌感染常发生在患者的腋窝和腹股沟。尖锐湿疣和寻常疣病毒感染常发生在患者的肛周、生殖器、负重部位和口腔黏膜。单纯疱疹和带状疱疹的发病率也明显高于正常人。口腔内也常见白色念珠菌，主要表现为口腔腐烂、充血、奶酪样覆盖。
其他常见感染包括非链球菌性咽炎、急性和慢性鼻窦炎以及肠道寄生虫感染。很多患者排便次数增多，变稀，粘液增多。可能与肠道直肠炎及各种病原微生物的入侵有关。此外，口腔内可出现毛状白斑，这是艾滋病早期诊断的重要线索。
典型的艾滋病时期
有学者称之为致命性艾滋病，是艾滋病病毒感染的最后阶段。这个问题有三个基本特征：
细胞免疫缺陷严重。
各种致命的机会性感染都会发生。
各种恶性肿瘤都有发生。
艾滋病末期，免疫功能完全崩溃，患者出现各种严重的综合性疾病，直至死亡。
艾滋病的诊断不能只看临床表现，最重要的是检查者的血检是否呈阳性。因此，怀疑感染艾滋病病毒后应及时向当地卫生检疫部门查询，不要随意确诊。
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