胃肠功能紊乱的发病原因多种多样，其中饮食因素是重要一环。不规律的饮食习惯，如过度饥饿或暴饮暴食，可能导致胃的蠕动功能失调。频繁的饮食波动使得胃壁内的神经丛功能异常活跃，增加胃液分泌，久而久之可能诱发胃炎或胃溃疡。为了保持胃肠道健康，饮食应规律，避免极端的饮食行为。
心理因素同样不容忽视。精神压力大、情绪波动强烈时，大脑皮层会通过下丘脑影响人体的器官功能，特别是对胃肠系统的调控。下丘脑，作为情绪调控的中枢，其功能紊乱可能导致胃肠道功能异常。比如，过度劳累、家庭纠纷等生活压力，如果未能及时缓解，可能长期影响高级神经活动和植物神经功能，从而引发胃肠功能紊乱。
此外，消化系统本身的疾病也可能导致胃肠功能紊乱，如消化不良、胃炎、溃疡病、急性胃肠炎和便秘等。这些疾病会直接干扰胃肠道的正常运作，加重症状。
目前，对于胃肠功能紊乱的确切发病机制尚无定论，但精神因素在其中的作用日益受到关注。良好的心理状态和生活管理对于预防和缓解胃肠功能紊乱至关重要。
胃肠道功能紊乱，又称胃肠神经官能症，是一组胃肠综合征的总称，精神因素为本病发生的主要诱因，如情绪紧张、焦虑、生活与工作上的困难、烦恼、意外不幸等，均可干扰高级神经的正常活动，进而引起胃肠道的功能障碍。