法律分析：新注册的公司在零员工的情况下进行个税零申报：首先登录自然人电子税务局（扣缴端）；选择左侧栏的人员采集信息，然后选择添加。添加法人的信息就可以了；添加完后选择左侧栏综合所得申报，选择第一个正常工资薪金所得；所有数据填“0”就可以了，然后点击返回；依次点击税款计算，附表填写，申报表报送。即可完成个税零申报。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》 第二十五条 纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。