法律分析：港澳通行证1年一次签注和3个月一次签注的不同只在于有效期。
1年一次的有效期是一年，3个月一次的有效期是3个月。
1年一次，指的是本次签注有效期为一年。一年过去，这次签注还没有使用，那么想要使用就必须重新续签才行。并不是一年只能去一次的意思。
1年一次，当在一年之内这一次有效签注已经使用，那么这一次的签注就已经不再能使用，须得重新续签才可以再次使用。也就是说一年其实是可以去很多次香港的。
3月一次，也并不是代表三个月才能签一次。只是说这一次的签注有效期就是三个月，也就是说这三个月里你的签注没有用完，那么过期自动作废。想去必须再次重新续签，用完即可再次续签。
3月一次是为了方便通行证快要过期的朋友，当通行证有效期不足一年时，只可选择三月一次或三月两次。
法律依据：《中华人民共和国出境入境管理法》 第十条 中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定。