两者本质区别：中国古代政治制度是君主专制制度，特点是专制独裁，臣民毫无权利；古希腊雅典城邦政治制度是古典民主制，国家权力不属于任何个人而属于雅典公民。
理由：中国传统社会的政治制度是君主制，君主享有至高无上的权力，对臣民可以任意生杀予夺，不受法律的制约，处于制度设计金字塔的塔尖。中国传统政治制度具有独断性，一切政策、法律、规定、命令都由君主一个人决定，其他人只有建议权而没有决策权；这种制度还有集权性，权力集中于君主一人之手，各级官僚都是君主的臣仆，由君主任命，对君主负责，其政治任务不过是代行王（皇）权，没有属于自己的相对独立的政治权力，因此无法对君主权力形成制约或制衡；此外这种制度有随意性，君主可以随意行使自己的权力，不受法律约束，也不需要根据相关法律条文颁布政令，因此古代中华法系实质上并不是真正按律令办事的，刑律完全形同虚设；中国古代君主是终身制的，新一代君主产生方式是世袭制，即父死子继或兄终弟及。
古希腊雅典城邦的政治制度是民主制，但这种民主制实际上是建立在奴隶制基础上的古典民主制。雅典民主制的决策机制是集体领导，梭伦改革后权力逐渐集中到公民大会，公民大会作为国家最高权力机关拥有不受制约的行政权、司法权、立法权、监察权、财政权、税收权、外交权、官员任免权和军事指挥权，但公民大会在伯里克利时期理论上雅典四个等级的全体公民都可以参加，享有平等的投票权，所以公民大会的决定其实代表了雅典公民的集体决策而不是某位政治家的个人决策；雅典民主制权力运作既有集权性又有分权性，集权表现在国家权力集中于公民大会，分权表现在任何个人包括执政官和后来的10将军都不能真正掌握最高政治权力，参与公民大会的全体雅典公民都享有平等的政治权力，权力分散于每个雅典公民手中；雅典城邦的政治决策也具有随意性，通过公民大会投票可以随意修改或废止法律，也可以随意给无罪的人判刑或赦免罪犯，哲学家苏格拉底的死证明了这一点，但相对而言在古代雅典只有通过公民大会投票的方式才能破坏法律，个人是不能任意违法行使政治权力的；雅典城邦所有官员都实行任期制，期满离职，新一届执政官、将军产生方式是选举制，由公民大会投票选举产生。
综上所述，中国古代君主专制制度和雅典民主制的区别实质上是独裁与民主、集权制与分权制、世袭制和选举制的区别。