楼主，我对你的这个问题很感兴趣！
稍微了解日本的人都知道，日本人是一个信封神道的国家，并且由于历史渊源和文化背景，日本人始终都对自然很崇拜，所以在长期的生活中，日本人对此产生一种精神上的依赖。这一点和中国比有类似点。许多伟大的人和事物甚至传说都被以一种固定的文化祭坛模式固定下来，以勉励后人。这就是神社的初衷！
但是关于二战中的参拜神社问题我有我自己的看法，由于战争的阶级利益不同所以导致战争双方的根本看法也就不同。对于日本民众，神社已经成为他们的灵魂寄托，正如我们的观音菩萨一样。所以在情感上没有任何排斥。其次由于日本极端右翼分子的挑唆，和隐瞒导致日本民众都无法了解到事实真相。（这一点阁下可以从《东京审判》那部电影得到些启示，里面的两位日本人就能说明一切。由曾志伟扮演的正夫在看见中国随行以后给他们磕头碰地。还说“狗@#的日本鬼子”并且还亲手杀死了和自己同赴中国参战的弘二 ，而弘二的哥哥雄一由于在日本本土，他对战争的任何情况都是日本广播那获得的，所以他那么敌视中国和中国人的看法也就又想而知了。）
但是我想作为一个日本高官甚至日本首相就不应该这样来对待了。虽然一样是日本人。但是他更应该是一个领导者，领导者最重要的一点就是他必须站在一个新高度来看待这个问题，客观的来说侵越第三方国土和杀害第三国家的民众已经以和平民主这一重大国际主题和人类文明相背离。所以他们应该认识到自己的错误，并采取一些列措施来弥补。但是参拜神社这一很平常的举动对于一个日本领导者（小泉）来说就有不同的意义，这样就意味着日本对于那次惨绝人寰的战争不仅没有悔改反而崇尚的意思。这样当然会影响第三世界国家民众的感情。长期以往下去，轻者断交。重者重新发生战争，而在小泉参拜神社后以中国断交的那“失去的十年”活生生的证明了小泉的愚蠢和无能！
我想也许最理智的做法就是双方都能客观理智的看待此事，求同存异。共同开创美好的明天
参考资料：自我观点