空气除菌一般有加热
灭菌、静电除菌和介质过滤除菌三种，目前国内广泛采用介质过滤除菌。
(1)加热灭菌即将空气加热到一定温度后，保温一定时间，将微生物杀死的方法。美国某发酵厂采用提高进El空气的温度，经压缩后达220~C，保特15 S，达到灭菌目的。国内水冷式空压机出口空气的温度为120—140~C，风冷式空压机出口空气的温度为140-160~C，也有一定的杀菌作用。
(2)静电除菌它是利用静电引力吸附带电粒子，而达到除菌除尘的目的。将交流电电压提高到2～5万V，经整流变成
直流电。当气体通过时，在强的电场(>7000V／era )作用下形成电离作用，产生带正负电荷的离子，并分别向正负电极移动，在移动的过程中又使灰尘、微生物带电，而被电极所吸附。
(3)介质过滤除菌介质过滤除菌是目前国内外发酵工业上普遍使用的空气除菌方法。它是使空气通过经高温灭菌的介质过滤层，将空气中的微生物等颗粒阻截在介质层中，而达到除菌目的。