证据不足，怎么结案的问题，分侦查阶段、审查起诉阶段、审判阶段不同的三种情况。在侦查阶段，依据《刑事诉讼法》的规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。在审查起诉阶段，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。在审判阶段，在人民法院宣告判决前，人民检察院发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。对于撤回起诉的案件，人民检察院应当在撤回起诉后三十日以内作出不起诉决定。需要重新侦查的，应当在作出不起诉决定后将案卷材料退回公安机关，建议公安机关重新侦查并书面说明理由。法律规定：《刑事诉讼法》第一百六十一条 在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。《刑事诉讼法》第一百七十一条 对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。《刑事诉讼法》第一百七十三条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。《刑事诉讼法》第一百七十四条 不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。
《刑事诉讼法》第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十六条规定的情形之一的,人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的,人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件,应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的,人民检察院应当提出检察意见,移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
《刑事诉讼法》第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
《刑事诉讼法》第一百七十六条 人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清,证据确实、充分,依法应当追究刑事责任的,应当作出起诉决定,按照审判管辖的规定,向人民法院提起公诉,并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的,人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议,并随案移送认罪认罚具结书等材料。
《刑事诉讼法》第一百一十五条 公安机关对已经立案的刑事案件，应当进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。对现行犯或者重大嫌疑分子可以依法先行拘留，对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人，应当依法逮捕。
无罪推定，指任何人在未经判决有罪之前，应视其无罪。刑事诉讼中，人民法院对检察院起诉被告人犯罪事实和证据，应当做出无罪排除的行为。
《刑事诉讼法》第十二条 未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。
《刑事诉讼法》第两百条 在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决;
(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决;
(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
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疑罪之所以“从无”，是因为证据不足。故这种无罪只是“准无罪”，行为人不一定确实无罪。因此，行为人因证据不足而得到无罪宣告后，如果取得了确实、充分的证据证明其有罪，仍然应当受到刑法的处罚。这是对为了保障个人利益而牺牲的社会秩序、社会公共利益的救济，是正义的回归。
我国刑事诉讼法体现了疑罪从无原则中“从无”的相对性：首先，检察机关对疑罪案件所作出的不起诉决定不具有终局性的性质，表现在：
1、根据刑事诉讼法第一百八十条 对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。
对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。
2、在检察机关作出不起诉决定后，如果发现了新的事实和证据，可以重新提起公诉。
其次，审判机关终审的无罪判决在一定条件下仍非终局，表现在：根据《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第一百一十七条第（三）项的规定：“对于根据刑事诉讼法第一百六十二条第（三）项宣告被告人无罪，人民检察院依据新的事实、证据材料重新起诉的，人民法院应当予以受理。”
也就是说，适用疑罪从无原则所作出的无罪判决，并不具有终止法律诉讼的效力。疑罪的相对从无在一定程度上化解了保障人权和维持社会公共秩序的冲突，在保障了社会个体利益的同时实现了社会公共利益的最大化。
这种相对性消除了司法人员在适用疑罪从无原则时的抵触心理，防止在司法实践中因为担心放纵犯罪而变相实施疑罪从挂现象。相对从无是疑罪从无原则的有益补充，是疑罪从无原则在适用过程中日益完善的体现。
参考资料：百度百科-疑罪从无
本回答被网友采纳立案阶段：不立案！
审查起诉阶段：认为犯罪事实不清、证据不足，需要补充侦查的，应补充侦查。对于补充侦查的案件，检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
审判阶段：做无罪判决！
1、在检察院审查起诉阶段，认为犯罪事实不清、证据不足，需要补充侦查的，应补充侦查。对于补充侦查的案件，检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
2、在法院审判期间，如果证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。