重庆工商大学的电子商务及供应链系统重庆市重点实验室是管理科学与工程硕士点的所在地，专业代码为120101。该硕士点以系统分析与优化、管理决策技术与方法、物流工程与管理、管理信息系统等多元化的研究方向为特色，现有25位资深的硕士生导师共同指导研究生学习。
本专业旨在通过系统的理论学习和实践，培养具有严谨求实科学态度和创新精神的高级管理人才。研究生将掌握扎实的管理科学基础理论和专业知识，具备独立进行科研的能力，能熟练阅读专业文献并撰写报告，运用所学解决本领域问题，并提出新见解。此外，课程设置包括系统理论与方法、高级微观经济学等，以满足实际工作需求。
近年来，该硕士点在科学研究和社会服务方面取得了显著成果，主持了多项国家级和省市级项目，发表论文200多篇，部分成果被SCI和EI收录。师资力量强大，有48名专兼职研究人员，其中教授、副教授和博士占比高，实验室设施完善，设有专家工作室和研究生工作室。
研究生招生考试分为初试和复试，笔试科目包括政治、英语、数学和运筹学，复试笔试科目则包括微观经济学。初试参考书目包括《运筹学》（清华大学出版社）和《西方经济学（微观部分·第五版）》（中国人民大学出版社），同等学力加试科目为《管理学》。
电子商务及供应链系统重庆市重点实验室的前身是2003年成立的重庆工商大学“现代物流与电子商务重点实验室”，2009年8月被重庆市商业委员会确定为“商贸物流与电子商务重点实验室”。2010年9月由重庆市科学技术委员会批准成立为重庆市经济管理类首批重点实验室。重庆工商大学管理科学与工程硕士点设在重点实验室。