清溪镇的行政区划包含20个行政村和1个社区，其核心区域主要由清溪社区、重河村和清厦村构成。镇人民政府设立在清溪社区，这里作为行政管理的中心地带，为周边村庄提供服务。
在清溪镇的村庄列表中，有重河村、大埔村、土桥村、谢坑村、荔横村、清厦村、大利村、九乡村、铁场村、铁松村、青皇村、三星村、厦泥村、三中村、上元村、松岗村、浮岗村、罗马村和长山头村。这些村庄各具特色，共同构成了清溪镇的丰富多样的村落景观。
特别值得注意的是，渔梁围村与清溪社区相邻，共同组成了清溪镇的一部分。这些村庄和社区的分布，不仅体现了清溪镇的地理布局，也反映了其人口和经济活动的分布情况。
清溪镇位于涪陵区东部，地处长江南岸，距涪陵城区12公里，东邻南沱镇，西连江东办事处，南接罗云，北靠长江。镇内气候宜人，资源丰富、交通发达，商贸繁荣，历来是涪陵东北部重要的物资集散地，素有涪陵沿江“四大古镇”之美称，也是渝西地区通往丰都、湖北省等地的主要通道；清溪因境内有一条常年流水不断的河流而得名，整个地势呈南高北低的多层面不规则倾斜坡，海拨150—820米，立体气候特征较为明显。