植物源
秸秆类：常见的原有玉米秸秆、小麦秸秆、豆秸秆、水稻秸秆。含有高的纤维素和木质素等大分子物质，氮磷钾等养分含量较低（除豆科类），单独用这类物料做有机肥的罕见，一般用来增加发酵物料的有机质，调节碳氮比。这类原料比较丰富，价格低廉，但因这些物料多存在农业从事散户手中，大面积收购比较困难，且季节性较强，全年生产需提前备货。
粕类：有豆粕、棉粕、蓖麻粕、花椒粕、花生粕等多为农产品加工产业的下脚料，多为辅料。粕类为原料的有机肥可称得上为高端有机肥，因其多为饲料级，原料成本较高，发酵腐熟不宜控制。
菌糠：俗称蘑菇渣，金针菇渣、平菇渣、杏鲍菇渣等，原料多为酒糟、玉米芯、稻壳粉、麦麸、豆粕及配一些营养元素。菌糠有机质高、富含菌体蛋白、维生素、微量元素及生长素，做有机肥在肥力效果较好。
动物源
动物粪便：羊粪、猪粪、牛粪等都是比较好的有机肥原料。有机质含量高，但由于纤维含量少不易分解。使用时要经过充分腐熟发酵，高温杀灭病虫卵、菌和杂草种子。
动物加工废弃物：加工废弃物，甚至是养殖废弃物等也能成为有机肥的原料。通常采用的是无公害生物降解法。
有机肥其腐熟过程是：在堆积、搅拌、通风的好氧状态下，利用微生物分解原材料中的有机物，分解产生的热量可使水分蒸发，能杀死病原菌、寄生虫卵和杂草种子，是一安全、卫生、有机物稳定化的过程。
农业类有机物料（原料）腐熟的好坏，是鉴别有机肥质量的一个综合指标。可根据其颜色、气味、秸秆硬度、堆肥浸出液、堆肥体积、碳氮比及腐质化系数来判断。
(1)从颜色气味看，腐熟堆肥的秸杆变成褐色或黑褐色，有黑色汁夜，具有氨臭味，用铵试剂速测，其铵态氮含量显著增加。
(2)秸秆硬度，用手握堆肥，温时柔软而有弹性干时很脆，易破碎，有机质失去弹性。
(3)堆肥浸出液，取腐熟堆肥，加清水搅拌后(肥水比例1：5-10)，放置3—5分钟，其浸出液呈淡黄色。
(4)堆肥体积，比刚堆时缩小2/3—1/2。
(5)碳氮化，一般为20—30：1(以25：1最佳)
(6)腐殖化系数，为30%左右。
达到上述指标的堆肥，是肥效较好的优质堆肥，可施于各种土壤和作物。坚持长期施用，不仅能获得高产，对改良土壤，提高地力，都有显著的效果。
有机肥生产的原料多种多样，前期的时候有机肥原料需要发酵处理。影响发酵效果的因素有很多种，其中比较重要的有以下几点。
1、含水量：好氧堆肥物料的含水量一般保持在45—65% 。含水量过大，物料间隙含氧不能满足微生物菌对氧的需求；含水量过小，可溶有机质流动性变差，阻止养分对微生物的供应。
2、氧量和温度：好氧堆肥的实际通风时间根据堆温测量控制。初期可以减少翻堆次数有利于堆温升高，当温度升高到70摄氏度左右时，要及时翻堆，使堆温不至于超过70摄氏度。70摄氏度以上时，微生物呈孢子状态，微生物的活性几乎为零。
3、pH值：在堆肥过程中，物料的Ph值会随着发酵阶段的不同而变化，但其自身有调节的能力。Ph值在5—8之间对堆肥无影响，偏离此范围，要对物料进行调节，如掺入成品堆肥。堆肥结束时的Ph值几乎都在8.5左右。
4、C/N比：一般控制在25左右，不合适要掺入其它他物料调节。
5、团粒度：控制在15—50毫米为宜。 一、 传染病虫害。粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害的发生。
二、发酵烧苗。不发酵的生粪施到地里后，当发酵条件具备时，在微生物的活动下，生粪发酵，当发酵部位距根较近，或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
三、毒气危害。
四、土壤缺氧。有机物质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使作物生长受到抑制。
五、肥效缓慢。未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用使肥效减慢。
六、未经处理直接使用，粪便体积大，有效成分低，运输不便，使用成本高。
高温堆肥的方法是：将有机肥与作物秸杆（铡成10厘米左右），加入一定比例的水（含水量50%～60%），夏季水分稍多，以防氮肥灰化。冬季宜少，以免因通气不良而发热缓慢。之后进行堆积，堆高宽各1.5～2米，长不限，并在堆外覆盖4～6厘米厚的细土。
前期堆腐是好气发酵，要疏松通气，可在堆中设置多个通气孔，堆腐20天后进行第一次翻堆，将外层翻倒至内层，内层翻倒至外层。再继续堆覆20天，进行第二次翻堆。当堆肥表层形成以真菌菌丝为主的白毛时，标致堆肥进入嫌气发酵阶段，此时应将肥堆压实，用泥土密封，防止氮肥的损失，使其缓慢地进行后期的腐熟。一般堆肥夏季约需1～2月，冬季约需3～4月即可腐熟使用。