1994年全国实施税制改革和机构改革，湖南省税务机构一分为二，于1994年8月15日成立湖南省国家税务局和湖南省地方税务局，两局均为正厅级单位。分设后的湖南省国税局共辖14个地州市国家税务局，2所学校（湖南税务高等专科学校、湖南省税务干部中等专业学校），140个县市分局，956个税务所。1994年12月，湖南省税务干部中等专业学校成建制移交省人事厅组建湖南行政学院。
1995年3月，省局根据总局对《湖南省国家税务局职能配置、内设机构和人员编制实施方案》的批复精神，按照“精简、统一、效能”的原则，开展“三定”工作。设立处室23个，其中行政处室12个：办公室、政策法规处、税政管理一处、税政管理二处、税政管理三处、征收管理处、计划财务处、票证管理处、人事处、离退休人员管理处、宣传教育处、监察审计室。处级直属（分）局3个：涉外税务分局、进出口税收管理分局、税务稽查局。处级直属事业单位5个：信息中心、服务中心、税收科学研究所、税务报刊社、正大税务师事务所。党群单位3个：纪律检查组、机关党委、工会，为提高机关效能，便于统一管理，省局将5个单位分别与有关处室合署办公，实行一套班子，两块牌子，统一管理。即：科研所与办公室、票证管理处与征收管理处、离退休人员管理处与人事处、纪检组与监察室、工会与机关党委合署办公。
1995年8月，省局根据国税系统税收征管范围的调整和省委、省政府部署的撤区并乡建镇改革，在全省各县市区局实行撤销税务所建立征收分局的改革，至1996年7月全面完成改革。共撤销税务所864个，成立征收分局586个，新审批26个税务所，基层单位减少252个。
1997年9月，省局根据总局关于税务机构的调整意见，省局对机关内设机构进行了精简，省局机关行政处室、直属机构、事业单位由原来的23个精简为17个。其中行政处室9个：办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、征收管理处、计划财务处、人事教育处、思想政治工作处、监察审计室。直属分局3个：稽查局、涉外税收管理分局、进出口税收管理分局。事业单位5个：信息中心、机关服务中心、税收科学研究所、湖南税务报社、湖南大信会计师事务所。同时，规范了市州、县市分局的内设机构；并对年税收在100万元以下的农村征收分局原则上予以撤并，撤销各县市城关、城郊征收分局，县市局直接征收，通过调整，全省征收分局撤并为459个，税务所122个。
2000年11月，根据《国家税务系统机构改革方案》及总局对湖南省国税局机构改革的批复精神，省局机关处室调整为18个，其中行政处室9个：办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、征收管理处、计划财务处、人事处、教育处、监察室。直属分局3个：稽查局、进出口税收管理分局、涉外税收管理分局；另设机关党委办公室、离退休干部管理办公室。事业单位6个：机关服务中心、信息中心、税收科学研究所、税务杂志社、注册税务师管理中心、机关招待所。同时，根据新一轮征管改革的要求，按照集中征收、属地管理的原则，对各级国税局机构进行了调整和统一规范。全系统县市区分局由原来135个减少为133个；基层税务所（分局）由原来的591个撤并为425个税务所，减少166个，减少28%。
2004年12月，根据总局关于进一步规范国家税务局系统机构设置明确职责分工的意见，以及总局对湖南省国税局进一步规范机构设置明确职责分工方案的批复精神，省局机关内设行政处室12个：办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、征收管理处、财务管理处、计划统计处、进出口税收管理处、国际税务管理处、人事处、教育处、监察室；另设机关党委办公室、离退休干部管理办公室。直属机构1个：稽查局。事业单位5个：机关服务中心、信息中心、税收科学研究所、培训中心、注册税务师管理中心。同时，对各级国税局机构进行了调整和统一规范。全系统县市区局132个，市局直属税务分局2个；全省税务所由原来的425个撤并为现在的181个税务分局、32个税务所，收缩面达50%。
2004年12月，按照总局统一部署，与交通厅、人事厅等有关部门密切配合，完成了车购税稽征业务人员划转移交接收工作。
到2005年底，湖南省国税局下辖14个市州局，湖南税务高等专科学校（长沙税务培训中心），133个县（市）区局，213个税务分局。
