1、开通条件不同
沪港通开户个人与机构需要50万以上的资金，一般港股账户：无资金限制，相对而言比较方便。投资标的开户：沪港通仅限266只成分股。一般港股账户：无投资标的限制。
2、投资标的股票与额度限制不同
相较沪港通，深港通下的港股通增加了：市值50亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股。同时，九州证券全球首席经济学家邓海清表示，最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。
与沪港通类比，深港通的标的不局限于A/H股同时上市，而将包含深市成分股；由于深市成分股与沪市有很大区别，这将丰富香港投资者的投资范围，但中国的高估值成长股能否得到香港投资者认同有很大悬念。
3、影响及作用机理不同
深圳交易所股票数量占据了全部A股上市公司的60%，包括深圳主板、中小板以及创业板，与上证股票相比，深交所股票平均市值更小，交易及活跃度水平更高。
通过对比沪股通和深股通标的股票的差异，显然看到深股通标的中小盘股比例显著提升，以深港通方案获批当天收盘价格计算，满足深股通北向标的股中一半以上的股票市值都集中在60-200亿。
扩展资料：
沪港通是中国资本市场对外开放的重要内容，有利于加强两地资本市场联系，推动资本市场双向开放，具有以下三方面积极意义：
（一）有利于通过一项全新的合作机制增强我国资本市场的综合实力。沪港通可以深化交流合作，扩大两地投资者的投资渠道，提升市场竞争力。
（二）有利于巩固上海和香港两个金融中心的地位。沪港通有助于提高上海及香港两地市场对国际投资者的吸引力，有利于改善上海市场的投资者结构，进一步推进上海国际金融中心建设；同时有利于香港发展成为内地投资者重要的境外投资市场，巩固和提升香港的国际金融中心地位。
（三）有利于推动人民币国际化，支持香港发展成为离岸人民币业务中心。沪港通既可方便内地投资者直接使用人民币投资香港市场，也可增加境外人民币资金的投资渠道，便利人民币在两地的有序流动。
参考资料：百度百科—泸港通
1、使用的A股股东账户不同。
2、可交易的标的证券品种不完全相同。
3、结算汇率不同。
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深港通是“深港股票市场交易互联互通机制”的简称，是指两地投资者委托深圳证券交易交的证券公司或者香港联合交易所的经纪商，通过深圳证券交易所或者香港联合交易所在对方所在地设立的证券交易服务公司，买卖规定范围内的对方交易所上市股票。
两者区别：
1.标的差异：
相较沪港通，深港通下的港股通增加了，市值50亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股，最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。与沪港通类比，深港通的标的不局限于A/H股同时上市，而将包含深市成分股，由于深市成分股与沪市有很大区别，这将丰富香港投资者的投资范围，但中国的高估值成长股能否得到香港投资者认同有很大悬念。
2.结算差异：
沪港通、深港通分开换汇、结算、清算、交收、申报等；冻结汇率相同，实际换汇不同。
3.前端操作：
客户前端区分沪港通、深港通进行分开交易操作：
4.不能交叉卖出，但资金可以交叉使用：
即使有同一股票，公司行为等也须分开独立申报。
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