1．消灭侵染来源
植物病害初期发生的接种体来源包括病菌越冬和越夏场所、中间寄主、带菌土壤、带菌种子等繁殖材料和田间发病中心。在接种体来源上施药，消灭或减少病原菌的侵染来源数量是保护植物免遭为害的重要策略。采用这种策略防治植物病害的效果与接种体来源存在场所、数量和传播途径有关。如果仅仅是通过种苗等繁殖材料传播的病害和通过发病中心扩散的病害，可以在比较容易控制的条件下，通过种苗药剂处理或在发病中心使用具有铲除作用的杀菌剂，经济有效地防止病害的流行为害。如使用二硫氰基甲烷、福美双等进行种子处理，防治禾谷类作物坚黑穗病、腥黑穗病条纹病、水稻恶苗病干尖线虫病等种传病害，不仅成本低，而且效果可以高达95%以上。长期采用这种消灭侵染来源的策略，使半个世纪以前严重流行为害的一些禾谷类作物种传病害已经得到完全控制。但是，通过土壤、水、病残体、气流或多种途径传播的病害，会因为病原菌侵染来源的场所复杂和数量巨大而难以完全消灭，药剂处理侵染来源后所残存的病菌足以引起流行为害，很难达到理想效果。如小麦纹枯病（立枯病）、赤霉病、白粉病、锈病、水稻稻瘟病、纹枯病、白叶枯病、棉花枯、黄萎病、蔬菜细菌性青枯病、霜霉病、苹果和梨黑星病等，目前大多数重要土传和气传病害都无法通过消灭侵染来源的策略进行有效化学防治。
2．药剂处理可能被侵染的植物或农产品表面
在寄主植物被病原菌侵染之前施药，杀死病原物，阻止真菌的孢子萌发，或干扰病菌与寄主互作，阻止病菌的侵染，使植物得到化学保护。这是一种防治大多数气流传播的植物茎、叶和果实储藏期病害最有效的策略。一般通过喷施、浸蘸等方法将药剂均匀地施用于寄主植物或器官上，使植物表面形成一层药膜，杀死病菌孢子或阻止病菌侵染。使用非内吸性杀菌剂如硫磺、碱性硫酸铜、代森锰锌、福美双等传统杀菌剂和异菌脲、醚菌酯等现代选择性杀菌剂，以及内吸性杀菌剂三环唑等只有在病菌侵染之前施用，才能防治植物病害。使用内吸杀菌剂三唑醇、苯醚甲环唑等进行种子处理，可以防治苗期土传立枯病和气传白粉病、锈病等。
3．在病菌侵染之前施用药剂干扰病原菌的致病或者诱导寄主产生抗病性
黑色素抑制剂三环唑抑制稻瘟病菌附着孢黑色素的生物合成，使附着孢失去侵入寄主的能力，从而保护植物。植物防卫激活剂活化酯通过诱导寄主获得性抗病性来防治真菌、细菌和病毒等多种类型的植物病害。由于诱导寄主抗性需要一定的时间，所以必须进行保护性的施药。