机电一体化和自动化是两个专业，都属于交叉学科，两者之间存在部分的学科耦合。机电一体化偏工程，自动化有理科方向也有工科方向。
我本科机械设计制造及其自动化专业（泛机电一体化，不同学校可能叫法不同，一般属于机械学院），研究生转自动化学院控制科学与工程方向。这两个是不同的专业，但是有交叉，机电一体化会学简单的电路原理，微机原理，编程，以及自动控制这些课程，但是更多的是机械设计，机械原理，材料力学，理论力学，测量，工艺这些课程。自动化专业的话，分理论方向与工程方向，但是普遍对计算机和数学这块要求高一点。
附：
百科上两个专业的定义：“机电一体化是由计算机技术、信息技术、机械技术、电子技术、控制技术、光学技术等相融合构成的一门独立的交叉学科”。“自动化专业是以自动控制理论为主要理论基础，以电子技术、计算机信息技术、传感器与检测技术等为主要技术手段，对各种自动化装置和系统实施控制的一门专业”。