如果已经在耕地建房的话，那么只能够向政府部门进行申请，如果获得批准，则可以保留原有建筑，如果没有获得批准的话，只要按照原有的样貌恢复耕地，否则将会面临强制性恢复。
一、已经在耕地建房怎么办?
根据新《土地管理法》第四条规定：国家实行土地用途管制制度。国家编制土地利用总体规划，规定土地用途，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护。
由此可知，自家耕地上不可以建房，如果强行乱占耕地建房，是属于违法行为。
1、合法程序占用耕地建房
我国虽然不允许占用耕地建房，但之前已经在耕地上建房，并通过合法审批，办理了农用地砖建设用地手续的，这样情况属于合法建房，不会有什么不好的影响。
2、非法占地
占用一般耕地达到10亩以上、永久基本农田达到5亩以上，造成种植条件严重毁坏的，要依法追究刑事责任;
3、非法转让
非法转让、倒卖一般耕地达到10亩以上、基本农田达到5亩以上、非法获利达到50万元以上，或具有其他恶劣情节的，要依法追究刑事责任;
4、非法批准征收、使用土地
一般耕地达到30亩以上、永久基本农田达到10亩以上的，以及虽未达到上述标准，但造成直接经济损失30万元以上，造成耕地大量毁坏等恶劣情节的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员要依法追究刑事责任。
二、农村乱占耕地建房新政策
自然资源部、农业农村部发布《关于农村乱占耕地建房“八不准”的通知》，明文规定：
1、不准占用永久基本农田建房。
2、不准强占多占耕地建房。
3、不准买卖、流转耕地违法建房。
4、不准在承包耕地上违法建房。
5、不准巧立名目违法占用耕地建房。
6、不准违反“一户一宅”规定占用耕地建房。
7、不准非法出售占用耕地建的房屋。
8、不准违法审批占用耕地建房。
在我国没有得到政府的批准是不得随意进行更改耕地的用途，如果更改耕地的用途按照相关法律对更改者进行处罚，且还要恢复到原有状态。但是改变耕地用途的人可以向政府进行申请，是否可以进行更改，如果批准通过，这不需要进行恢复。