工程中的备料款具有预付性质，随着施工进展，所需材料储备逐渐减少，通常会通过抵充工程价款的方式分阶段扣还。在施工合同中，需明确起扣时间和比例。
计算起扣点和抵扣额的方式如下：当工程中未完成部分所需材料价值等于预付的备料款时，开始抵扣。每次结算时，根据材料在总价中的比重进行扣减，直到工程竣工前全部清偿。例如，若合同总价300万元，主要材料占比62.5%，预付备料款为75万元，起扣点为180万元。当累计工程价款达到180万元时，开始扣除备料款。
合同可能规定特定的扣款规则，如工程进度达到60%时开始扣款，每完成10%进度，扣回预付备料款的25%。对于一些造价低、工期短的简单工程，备料款可能在施工开始时一次性拨付，不进行分期抵扣。当备料款加上已付工程款达到合同价款的95%时，不再支付工程款。
在预付款额度方面，一般限制为合同金额（扣除暂列金额）的30%为上限。这确保了工程项目的财务风险得到合理的控制。
工程预付款又称材料备料款或材料预付款。它是发包人为了帮助承包人解决工程施工前期资金紧张的困难而提前给付的一笔款项。工程是否实行预付款，取决于工程性质、承包工程量的大小以及发包人在招标文件中的规定。