明朝首都在南京、北京。明朝总共有过两个都城，一开始朱元璋定都应天府，也就是今天的南京，后来明成祖朱棣又将都城迁到了顺天府，也就是今天的北京。洪武元年到永乐十九年，南京一直是明朝的都城，之后才迁都的北京，并设吏、户、礼、兵、刑、工六部在北京，增设北京周围卫所，但南京的应天府作为留都依然存在。
明朝迁都的意义
永乐迁都是具有中国历史重大意义的事件，对中国政治、经济、文化造成的影响一直延续到现代。迁都北京，有利于控制全国的政局，同时有利于抗击北方蒙古人的南侵，也有利于经营东北地区，也为北京日后的繁荣奠定了基础。