亲缘关系较远的两个物种间由于有生殖隔离，因此一般无法进行交配生殖，或极难产生可育后代，即产生可以产生有生殖能力的配子的后代，这就是远缘杂交不亲和。
举个例子，比如一个物种的基因型为AA，另一个物种基因型为BB，两个物种产生的配子分别是A和B，如果是种内交配生殖，A只与A或a配对，则产生的后代为AA或Aa，仍然是可育的。但如果这两个物种间进行交配，如果可以产生后代的话，则产生后代基因型为AB，其后代基因中没有同源染色体，联会配对紊乱，自然无法产生配子。这就是远缘杂交不亲和。
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原因：
由于种属间存在着种种隔离机制，致使远缘杂交常表现不亲和或获得的远缘杂种表现不育。当选定作亲本的两个种，存在着交配不亲和的情况下，可以选择与双亲或双亲中的一方能够进行交配的第三个种，先与某一亲本进行杂交，然后利用得到的杂种作为媒介者，再与另一亲本杂交，以克服所选定的两种亲本之间的不亲和性，这个方法称为媒介法。
选定作杂交的两个种，若存在交配不亲和时，可在杂交之前，预先将两者接在一起。其中一个亲本应选用已结果的成年树，将另一亲本种的接穗嫁接在它的树冠上。作接穗的亲本中，最好选用年幼的实生芽条。通过嫁接，为使砧木对接穗发挥更大的影响，砧木必须留有足够的枝叶。
克服远缘杂种不育的方法：杂种胚的离体培养，将远缘杂交所得到的种子，或在其发育中期取出幼胚，置于人工配制的培养基上，在无菌条件下培养，以促进幼胚萌发发育成小苗，应用离体培养法有利于克服杂种种子不发芽或幼胚中途败育。
杂种染色体加倍，对于能生长发育成苗，但不能结实结籽的远缘杂种，可在种子发芽的初期或幼苗期，用0.1-0.3%的秋水仙碱处理一定时间，使体细胞染色体加倍，获得双二倍体。双二倍体在形成配子的减数分裂过程，每个染色体都有相应的同源染色体可以正常联合配对，因此能产生具有二重染色体组的有生活力配子，从而能提高受精结实率。
参考资料来源：百度百科-远缘杂交