这样在Endnote 中自定义参考文献目录格式：
1、打开Endnote，依次点击“Edit”——“Output Styles”——“Open Style Manager”。
2、在弹出的窗口中，选择相近的参考文献格式，点击“Style Info/preview”对已选的参考文献格式进行预览，这里随机选了“Current Opinion Lipid”，仅此作为示例。
也可以去word里对该参考文献的格式进行预览，点击“Edit”对已选的参考文献格式进行编辑。
3、在新弹出的窗口中，首先把该参考文献格式进行另存为，依次点击“File”——“Save As”。在弹出的小窗口中，命名（这里为：Current Opinion Lipid Copy），然后保存。
4、点击“Bibliography”下面的“Templates”，在右侧，会出现不同参考文献类型的格式，如书籍、期刊论文等的参考文献格式。
5、以更改期刊论文“Journal Article”的参考文献为例。目前“Journal Article”的格式为：Author |Title |Journal |Year; |Volume|:Pages|。
假如说，期刊论文的参考文献需要显示“期号”（即Issue），就可以在原格式上加入这个信息就可（具体的格式根据自己要求设置）。
6、修改完后，使用键盘快捷键：Ctrl+s 进行保存，然后点击右上角红色框线处的“X”关闭该窗口。注意：不是最上面的“X”！
7、回到word里，在“Endnote X7”选项卡下，依次点击：下拉小箭头——选择Current Opinion Lipid Copy参考文献格式——点击“Update Citations and Bibliography”对参考文献格式进行更新。
与之前的参考文献格式相比，更新后的，均加上了“期号”这一信息。
以上就是如何在Endnote 中自定义参考文献目录格式的解决步骤了。
注意：
1、在Citations → Templates 点击后，Bibliography Number要加左右方括号，注意是上标，还是不是上标。
2、关键的是Bibliography → Templates 点击后, 有“Journal Article”、“Book”、“Book Section”、“Generic”等一系列值。要小心地反复调整。
下面这些是比较好修改成常见的中文参考文献格式的：
[1] 郭慧芳, 谢艳飞, 谢艳飞, 杜正文. 不同稻螟发生区螟卵寄生蜂的自然寄生作用. 中国生物防治, 2002, 18(1): 13-16.
如 : J Adolescent Health Copy (Category属于Medicine)
J Human Hypertension Copy (Category属于Medicine)
J Human Lactation Copy (Category属于Medicine)
J Inteferon Cytokine Res Copy (Category属于Biology)
J Laparoendo Adv Surg Tech Copy (Category属于Biology)
修改好后，在File → Save As 另存为一个格式， 如：“中文常用格式”。OK！
在WORD 中插入文献中前 / 时 / 后，均可点击“Format Bibliography”，在“With Output”中选择我们刚才自定义的“中文常用格式”， “Temprorary citation delimiters”的“Left”方框中输入左方框号，在“Right”方框中输入右方框号。“确定”，即可！
在Endnote->Edit->Output Styles里，可以选择新建一个Style，然而最常用的方式是找到一个与你所需要的格式比较近似的格式，然后在这个格式的基础上修改。
在Style的设置中，需要自定义修改的地方有(其中需要设定Template的地方请参考Template设置指南)：
a.Citations
i.Templates;这个设置用来设定论文中的Citation格式，如"A number of recent publications[5, 14, 21, 10]"里面的[5, 14, 21, 10]就是由这个设置所影响的，用Insert Field来插入或者删除Template Fields.
一些常用的Field Name：
Bibliography Number 论文最后Reference List里面的文章编号
Author 论文作者
Year 论文年份
常见的template格式: [Bibliography Number],[Author, Year]
这项设置里面其他可以调节的地方有Multiple Citation Separator，用来隔开Multiple Citation;以及use 2 digital years，用来调整年份的格式为4位或者两位;
i.Numbering; 这项用来调整Multiple Citation里的Numbering格式，最常用的是选择或者不选择Use number ranges for consecutive citations (e.g. 1-3);
ii.Sort Order; 这项用来定义Multiple Citation中的排序;
a.Bibliography
i.Templates;与Citations里面的Templates类似，用来设定论文中的Reference List的格式，如"Guo H, Zhang J,Zhou L, "Classifying and ranking: The first step towards mining inside vertical search engines," Database and Expert Systems Applications, Proceedings, vol. 4653, pp. 223-232, 2007."的Template是:
Author, "Title," Journal, |vol. Volume, |p.^pp. Pages, |Date |Year|.
可以为不同的type的Reference定义不同的格式，方法是在Reference Types里面选择你需要自定义的type，所有没有自定义的type，都会以generic所定义的格式来显示;
i.Author; 这里用来修改Reference List里面，单个Author的具体显示格式，各种名姓缩写，位置互换，Author List的排列方式等等;本回答被提问者和网友采纳