广义的细菌即为
原核生物。是指一大类
细胞核无核膜包裹，只存在称作拟核区的裸露DNA的原始
单细胞生物，包括真细菌和古生菌两大类群。
人们通常所说的即为狭义的细菌，狭义的细菌为
原核微生物的一类，是一类形状细短，结构简单，多以二分裂方式进行繁殖的原核生物，是在自然界分布最广、个体数量最多的有机体，是大自然物质循环的主要参与者。
在细胞结构和代谢上,古菌在很多方面接近其它原核生物.然而在基因转录这两个分子生物学的中心过程上,它们并不明显表现出细菌的特徵,反而非常接近真核生物.比如,古菌的转译使用真核的启动和延伸因子,且转译过程需要真核生物中的TATA框结合蛋白和TFIIB.
古菌还具有一些其它特徵.与大多数细菌不同,它们只有一层
细胞膜而缺少肽聚糖细胞壁.而且,绝大多数细菌和真核生物的细胞膜中的
脂类主要由甘油酯组成,而古菌的膜脂由甘油醚构成.这些区别也许是对超高温环境的适应.古菌鞭毛的成分和形成过程也与细菌不同.
基於rRNA序列的系统发生树,显示了可明显区别的三支：细菌(Bacteria)、古菌(Archaea)和真核生物(Eukarya)