第1个回答 2009-10-22
同人大结局：
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是有希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
第2个回答 2009-10-19
真正的结局官网上出来了内容如下（觉得好的话记得给分）：
近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南。根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先 。
而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：“还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以”。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目 ：黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC•LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局 （2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国**也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学。”
第3个回答 2009-10-11
这是最新的大结局，也不知是不是真的
山老师透露最后几集：700--与黑暗组织的最终对决之事情的真相701--与黑暗组织的最终对决之基德的仇恨702--与黑暗组织的最终对决之组织首脑703--与黑暗组织的最终对决之公正的审判 （法院大对决）据本台消息:<<名侦探柯南>>剧末已拉开续幕，结局真是悲哀，挽惜，但也十分精彩!据青山老师说，柯南(新一)在最后的几集中，因为身份被黑暗组织识破，而遭到追杀，黑暗组织首领下令，柯南(新一)和灰原哀(Sherry)知道了组织的秘密，为了不要让情报传到警方手里，一定要杀了他们，柯南(新一)不敢回毛利家，怕托累他们，阿笠博士的家更不能回，黑暗组织早就派人监视着。柯南(新一)和灰原哀(Sherry)躲在一间废屋里，这样躲着也不是办法，柯南(新一)决定一个人去与黑暗组织了断，灰原哀(Sherry)不同意，眼泪终于流了出来，抱着柯南，劝柯南(新一)不要去，但柯南(新一)却不听，用麻醉手表想让她睡着，不料却被她躲过了。青山老师说，在柯南(新一)决意离开去找黑暗组织了断时，与灰原哀(Sherry)的对话很精彩!另一方面，警方早就秘密调查着黑暗组织的事，目前已经掌握足够的证据!小兰对柯南怀着疑问，偷偷地调查工藤家有没有姓江户川的远房亲戚，结果证实了她的想法，工藤家，只有住在东京的太保家和大板松田家是亲戚，除此之外，还有几户远房亲戚的也都不姓江户川，小兰怀疑是阿笠博士弄了什麽药让新一变小了，于是决定去找阿笠博士，到他家门口却发现有几个穿黑色西装，戴太阳眼镜的可疑人在阿笠博士家附近排徊，便从后墙爬进去，一进屋发现屋里乱七八遭的，地上还摊着片血，小兰知道博士家有地下室，便前去，在地下室里，发现受伤的阿笠博士....柯南(新一)服下哀刚刚研制的暂时性解药，变回了原样，这个解药的效果可以维持很长一段时间!是灰原哀(Sherry)熬了几天几夜研制的。直到第二天，阿笠博士醒过来了，同时新一也到达黑暗组织的巢穴。博士得知自己也昏睡了一天了，怕新一出现什麽意外，要是落入他们(黑暗组织)手里，就别想活着走出来，在他无奈之际，在小兰苦苦逼问柯南的真实身份之际，博士为了新一，只有向小兰坦白，道出柯南就是新一的事实，并且要求小兰，秘密侦求警方的帮忙，并且通知毛利小五郎，一起去解救新一。小兰在得知柯南就是新一之后，在知道新一并没有离开她，一直都在她身边之后，回想了很多，通知了她父亲毛利小五郎，随后与警方秘密取得联系。其实，基德，也就是黑羽快斗，他父亲原本就是第一代怪盗基德---黑羽盗一，后来在一次偶然的事件中被卷入某件事中而被秘密组织所杀，快斗（基德）为了寻找那个组织，成为下一任怪盗基德，秘密调查那个杀害父亲的组织，那个组织，就是黑暗组织！为报杀父之仇，化身基德，希望能够引诱黑暗组织出来，不停地作案，得知高中生工藤新一因为看到了某组织的秘密交易而被变成小孩，基德觉得不可思议，记得父亲的档案里也有提过，那个组织也在秘密研究些药物，莫非....于是，开始与工藤新一接触，其实，那几次和工藤新一对决都不是偶然的，都是他刻意的，为的就是等待黑暗组织，工藤新一找出黑按组织，后来，新一与黑暗组织几次磨擦，基德终于见到了父亲档案中提到的黑暗组织人员---琴酒(GIN)，因而开始了他的计划！复仇计划！！！在最后一集中，基德被琴酒(GIN)打中右手，新一为救基德，最后被逼得走投无路了!琴酒(GIN)本来想结束他和基德的性命的，黑暗组织首脑，想出了一条计谋，利用新一他们做为引诱雪莉的诱耳。每一个结局都大大出乎意料，黑暗组织的首脑，其实就是铃木财团，铃木史郎的秘书---西野真人，看起来斯斯文文的一个小伙子，没想到竟然是可怕的黑暗组织的首脑，新一怎么也没想到，这下子，不光是小兰，连铃木家都要受到牵连，怎么办，怎么办，到底该怎么办才好呢？....新一的父亲，工藤优作，在铃木财团的一次酒会中其实早就对西野真人表示怀疑，只是没有证据，于是开始调查....但结果青山老师没有透漏，据说，大大出乎意料，阿笠博士的真面目，毛利小五郎隐藏多年的级密档案....种种真相，都特别精彩！另外，灰原哀（Sherry），在最后关头中，非常的勇敢，一心想为父母和姐姐报仇，杀死了贝尔摩得(沙龙)跟基安蒂、科恩，琴酒(GIN)与小兰一对一空手道对决，他也是个高手！结局大大出乎意料，也非常紧张的，西野真人果然利用铃木一家作为人质，就连警视厅最高领导人，地方委员都被囚禁起来...结果怎样，我就无从得知了，青山老师表示，已经透露得过多了，接下来最后一集就知道了，他给人的提示就是：结果很会大大出乎意料之外
第4个回答 2009-10-10
现在网上关于黑衣组织老大的传言中，占据主流的就属阿笠博士和日本前首相了。
无可否认，青山这小子一开始的确是想要让阿笠博士来充当大方派的意头,不然不会起这个名字(阿笠用日文拆开然后再用拉丁文反读就成了‘莫尼亚提’）。这些在漫画的很多细节上都可以寻找到端倪（在必死克事件中，gin刚说要奉组织老大的命令杀人的时候博士就无缘无故地打喷嚏），然而毕竟十年过去了，阿笠博士的名字之谜早已被有心人识穿（我早在02年的时候就听说过了）。于是青山很明显就要另起炉灶了。
关于日本前首相的传言很明显是通过最近的单行本几集推出来的，老实说一来没什么根据，二来与前面剧情渊源不深，三来比起一直以来的平
凡人物作为boss，日本前首相的设定明显缺乏震撼，因此青山很难真的会偏向这一边。
那么问题来了，究竟谁才最有资格成为组织老大呢？
其实，早在五六年前青山就已经为我们留下了一道伏笔，在单行本第19集中，当柯南好不容易取回那一张可能记录着aptx的磁盘之时，忽然发现中了一种名为‘黑暗男爵’的病毒！
看到这儿我的脊梁骨不由得一寒：‘黑暗男爵’？这怎能不让人联想到曾经风靡全球的‘暗夜男爵’系列？
而暗夜男爵，不就正是柯南老爸——工藤优作的成名作品吗？
不禁再度想起必死克事件，那次灰原被困酒窖，面对绑架者遗留的手提电脑，柯南最终看出密码就是柯南道尔从前的笔名！
除了工藤家族，那里还会有人对福尔摩斯那般热衷！
～豁然开朗～
其实，整个暗黑组织都是由工藤优作和阿笠博士一手操控的！
大家还记得工藤优作一本还没有完结的推理小说就成就了一场惊天疑案，其实工藤优作的那本小说根本不是意外失去，而是蓄意如此！
长久以来，工藤凭借他无与伦比的大脑神经为组织策划了一次又一次的阴谋，那些推理小说不过是他偶然灵光一霎的犯罪笔记！
而阿笠博士表面上是一个不被社会重视的科学家，但是想一想现在全世界的一流研究人能够创造出增强脚力鞋或者是只凭借人的嗓音震动频率而制造的无敌变身器吗？所以阿笠博士根本上就是表面上隐姓埋名，实际上却是一直为工藤优作的犯罪提供极为厉害的硬件支持！
小说中，福尔摩斯与莫尼亚提教授不共戴天，但是，在此处，具有不弱于福尔摩斯计谋的工藤优作却与阿笠（莫尼亚提）博士配合无间，这正是青山为大家设下的最大悬念！！！！！
阿笠博士曾经在无意中透露出与灰原父亲一直很熟，那就不难让人推测出，他们二人说不定曾经共事的事实！
还有，为什么贝尔摩得知道柯南和哀的身份，却一直隐忍不发？为何她还要力保柯南的性命？难道对于杀人不眨眼的黑衣组织来说，和有希子的少年之交真的如此重要？
只要联想到gin所说，贝尔摩得是那位先生欣赏的人那就一切都清楚了。贝尔摩得正是因为一早就知道自己老大的真正身份，那又怎能不保护自己老板的儿子呢？
再仔细想一想工藤优作的初次登场，按照时间上推算正是名美被gin灭口，志保准备脱离组织的时候，对于志保这个组织上科研的未来之星的忽然叛变以及从阿笠博士口中得知的自己儿子的近况来看，工藤优作的回国动机就相当暧昧了。
当然还有，就单单从柯南等人与黑衣组织的几次交手来看，说实在的的确可以用毫无收获、惨不忍睹来形容。试想一下，柯南、平次、快斗、赤井、FBI组织……这些家伙那个不是一等一的世界级牛人？可是一旦遇到黑衣组织别说获胜，就连要保住小命也是困难，如果没有象工藤优作这样破碎虚空的推理霸王组织工作更加上对自己儿子的近况了如指掌，会有这样的效果吗？
为什么柯南刚刚变小的时候阿笠博士就立马要将他打发到毛利小五郎家？美其名曰是要借助侦探所来暗中调查，但是一间平平无奇的侦探所能够在全日本多如牛毛的案件（加上小五郎每天要处理的寻找猫狗或者调查外遇）中搜索黑衣组织难度根本就可想而知。相比之下柯南借助他小孩子的身份在东京四处调查不是总好过要过那种白天要上学，处理案件的时候还要四处受气的日子要好得多吗？
原因只有一样，那就是当时博士家中还留有关于组织的很多情报，倘若柯南当时住在博士家的话，那极有可能穿帮。
可惜当时单纯的小小新一完全沉寂在要与小兰同居的喜悦当中，完全忽视了这最简单的破绽！！！
大家一直认为黑衣组织只有一个老大，殊不知正是中了青山这个小日本的奸计了！
还记得工藤优作首次回国就伙同博士将柯南玩弄于股掌之间吗？说穿了这只不过是想要让自己的儿子跟随自己回到美国，防止其再与组织对抗的手段而已。可是当时柯南因为小兰的缘故最终选择留下，工藤优作无奈，只有一方面让博士继续暗中监视和保护柯南，毕竟柯南和他的父子关系不能外传，但倘若柯南一不小心被杀了那就得不偿失了。因此他才对儿子叮嘱道：“小看了女人可是不得了的哦。”
不过伴随灰原哀的出现，其实当时博士早就得知志保出逃，熟知内情的他是故意在大雨中等待灰原哀自投罗网！
就当博士终于等到便小的灰原时，凭借当年与宫野家的交情阿笠博士立即知道了她与柯南有了相同的际遇。正准备灭口的博士忽然想到：既然
新一世子是因为毛利兰而拒绝出国的话，那么这个与组织关系密切的小女孩会不会成为离间新一与小兰感情的绝妙棋子呢？
于是，博士不但救出了灰原，而且还冒险将她收留在自己家中，并且为新一与灰原的相交劳心劳力（灰原出场后少年侦探团就经常可以外出旅游正是博士为了新一与灰原增进感情）但是正绝妙的计划却带来了意想不到的后果，第一：灰原因为姐姐的关系对组织仇深似海；第二：柯南与小兰的感情尽管由于有了灰原而出现波折但是依旧无法破裂；第三，也就是最严重的一点：灰原被柯南所吸引，真正喜欢上了柯南并且为成全其与毛利兰的感情而不计生死！
远在海外的工藤优作闻言大怒，立即给组织下了死命令要找机会格杀灰原哀（《必死克》剧情，《朝向天国的倒计时》剧情），但是却被柯南一一化解……
工藤优作看到自己的儿子这般能干一方面固然欣慰，但是却带来更大的忧虑，于是，思考再三的他决定亲自动手。首先与博士策划搞了一个以福尔摩斯为背景的推理游戏（《贝克街的亡灵》剧情），想要一举暗杀灰原哀，而他却最终发现灰原为了自己的儿子而舍身相救，终于被这个小女孩所感动。而早已对灰原产生爱怜之心的博士也从中劝导，工藤优作最终放弃了对灰原的杀机。
其实工藤优作一直都自负自己夫妇和儿子都是当世奇才，对出身于平民家庭，没多少知识内涵的毛利兰就不太看好（优作跟小兰几乎都没有交集），但是自己的儿子喜欢他也不能强加反对，于是在今后的日子里灰原的地位就日益重大了。因为灰原学识渊博、性情冷静而极具内涵，再加上与组织的渊源，一旦把握好了将来必定能够成为组织称霸的一大助力。但是柯南和灰原都不是一般的人物，好像博士那种制造机会的拙虐手段当然起不了大的用途，当然最好的方法就是让两人共同出生入死、历经坎坷，方能情比真坚。
于是优作决定一方面派出自己的心腹大将贝尔摩得亲自冒充新出医生对灰原展开不紧不慢的追踪。同时FBI的介入，一时间灰原身边草木皆兵，而神经一直处于疲惫状态的灰原也由最初的强悍而转化为对柯南的日益依赖，这时候只要找个机会让柯南来个漂亮的‘英雄救美’的话就可以彻底打开灰原的心扉，达到自己的目的。
尽管早已布置贝尔摩得暗中放水，又有阿笠博士和FBI暗中协助。可是对于自己的儿子能否挡得住组织的猛烈进攻身为老爸的工藤优作依旧心存疑虑，于是，优作灵机一动再次想到了绝妙的一招，为了儿子和灰原的爱情，优作动用了以往从不利用的爱妻——有希子！
理由很简单，只要无意间一句“听博士说新一最近有了新的女朋友，不过作为父母的的确不好意思去看啊”生性好事的有希子立马孤身前赴日本，第一天就组织柯南和一大帮小朋友外出游玩，其实正是为了探听柯南的情报。从中有希子很高兴的发现步美和哀都对自己的儿子有好感，相比之下有希子当然是对柯南和灰原的关系说三道四，更加有意无意间对灰原展现出友好与爱怜，并且还鼓励自己的儿子向灰原表白，如果不是新一在感情上太过白痴或者另有所图，灰原说不定早就接受了他（在漫画41集，你们看吧，我是无奈了）事实上，工藤优作的计划实在是胆大包天，但同时也极具效果。在灰原感冒的同时，柯南~~~~~~~~~~~
面是官方对大结局的预告，下面我们来欣赏柯南的14种大结局吧：
（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶，取名为工藤柯南……
（二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶，取名为工藤志保。。。
（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶，取名为毛利洋子……
（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……
（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……
（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……
（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……
（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……
（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……
（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……
（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……
（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
（十三）知道恢复无望的柯南心灰意冷，在这时却得到了哀的安慰。在哀的默默鼓励下，柯南终于恢复了信心，继续向未知挑战，而两人的感情也就此产生了……
（十四）柯南终于击败了神秘组织，但最终一战中，头部却受到了重伤，并且丧失了全部记忆。由哀处得知事情真相的小兰，却没理由逼迫一个小学生去思索过去的事情。于是，柯南做为一个小学生侦探，与他的伙伴们一起成长着……
不过……柯南才出到459画，大结局之说，个人认为并不可信……