名侦探柯南中主要讲述了,高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候,目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一,却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药,当他醒来时,身体居然缩小了! 如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话,不仅性命难保,还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份,在被小兰问及名字时,化名江户川柯南,为了搜集那些家伙的情报,寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织,他所了解的,就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目,小小侦探江户川柯南的活跃开始了,经历了很多的案件,不过自己在一直寻找解药,希望可以变回正常人的生活,可以和毛利兰白头偕老,现在自己也不是孤军奋战,有小五郎作为掩护,可以进一步接触到案件的真相,还有缩小药的制药者灰原哀的出现,给了很大的帮助,也是案件中的好助手,两个人有相同的目标,就是拿到解药,打败黑衣人,不过也出现了柯哀党,希望他们永远在一起。
变小的柯南拿到了解药肯定会变成之前的样子,不然观众都不会答应的,缩小药可以缩小身体的比例,相对于的也可以变大身体的尺寸,这都是药物的作用,并不是身体的机能受到了损害,一定可以变回去。
不然毛利兰怎么办啊,还等着新一一起携手走下了,只要是黑衣人存在的一天,柯南就变不成新一,这就是他的使命和责任,那天黑衣人彻底被消灭了,自己也会变成新一活在阳光之下。