其实不让朱棣继位的原因很简单，在当时，太子刚死，如果贸然立朱棣为太子的话，可能会引起朝局的动荡，朱元璋不敢赌，只能够改立自己的孙子朱允炆为太子。
首先，最主要的原因还是出自朱元璋本身，我们都知道，明朝的政治框架虽说是朱元璋自己创造的，但是细看的话，我们可以发现，明朝的很多地方其实都是模仿周朝的。这时候太子朱标去世，如果贸然将朱棣再立为太子的话，会让很多人对此产生怀疑，这样不仅会动摇明朝的根本，而且还会引起朝局的动荡。
而另一个原因也很简单，我们通过相关史料不难看出，当时的朱允炆也已经达到了及冠之年，加之朱允炆本身并不是扶不起的阿斗，所以说朱元璋立他为太子也不是说不过去。
根据相关的史料记载，朱棣一直都驻守边关，在性格和执政方式上和自己父亲朱元璋很是类似，而朱元璋在晚年的时候也意识到了自己这些年来执政的问题，那就是太过于严苛。如果选择朱棣为太子的话，很大的可能会重蹈覆辙，所以就需要选择一个与自己互补的人，而那个人就是自己的孙子朱允炆。
其实在朱元璋自己的心里明白，打天下需要的是能够冲锋陷阵，霸道的君主，而守江山却需要一个宅心仁厚的帝王。很明显，朱棣能够打天下，但却不能够守天下，而朱允炆却能很好的守住自己打下的江山。
朱元璋在朱标死后不让朱棣继位的原因主要是宗法制。明朝的政治框架主要是沿袭了周朝的分封制，也就是说皇位必须严格按照宗法来继承，所以此时可供选择的选项有太子的儿子也就是皇孙朱允炆和太子的弟弟朱二哥。也就是秦王朱樉，而朱元璋认为嫡次子朱樉是个无能的人，在朝政和军事方面都无所建树，朱元璋自然不会选择一位这样的人继承大明江山。而皇太孙朱允炆性情淳厚，又符合嫡子嫡孙的法则，自然是当时王位的不二之选。
所以，帝位顺延到朱允炆身上是理所当然的，在当时的宗法制度下，可以说帝位与朱棣是毫无关系的。
另外，晚年的时候朱元璋很长一段时间都在考虑储君之事，有史书记载，朱元璋在太子去世后，曾在众臣子面前提过立老四朱棣为太子，但是遭到臣子反对，说这样做的话将置秦王晋王于何地，秦王晋王也就是朱标的弟弟老二老三，这说明在当时朝政上已经有人反对再立太子之事，从法理上就行不通，纵使朱元璋也知道老四朱棣的能力事强于皇太孙朱允炆的，但是想立朱棣太难，光是一帮文臣的弹劾就让朱元璋头疼，更别说从制度上修改宗法，让群臣认同立朱棣为下一任大明皇帝。
而且，明朝开始的政治框架是以周朝为样板，实行分封制。也就是说，众王的地位在一开始就被确定下来的，太子继承王位，而太子的一帮子兄弟们负责守天下，朱棣作为燕王是臣子，他的职责是戍守北方的，在古代，君臣关系十分严格，在存在合法的继承人的情况下，朱棣始终都是臣子的身份，即使朱元璋有意立朱棣为下一任继承人，也过不了当时内阁那一关，统治集团内部已经由宗法关系确定，朱元璋想让朱棣继位，在当时来说几乎是不可能的。
所以，在当时的社会情况下，宗法制确定了朱元璋无法让朱棣继位。
因为朱棣心狠手辣，而明朝建立刚起， 需要一个仁厚的君主， 如朱标， 朱允炆。
古代有嫡立嫡，无嫡立长的规矩正是明朝开国皇帝朱元璋提出的，嫡长子继承制是宗法制度的最基本的一项原则。而朱标不但是朱元璋从小培养的嫡长子，更是朱元璋最喜爱的一个。自然在开始时，会将王位定给朱标。但是天有不测风云，朱标在还没有继承王位的时候就去世了。痛失爱子的朱元璋自然只能将自己的注意力放在他的长子的儿子朱允炆身上。可是朱允炆远远没有四子朱棣的聪明与才华，为何朱元璋仍将位置给了朱允炆呢？这就牵涉到了朱元璋的矛盾之处。
首先是朱棣的残暴强权十分像朱元璋，可是天下刚刚安定，战乱刚平，百姓实在对打仗没有兴趣。这时候出现一个嗜好于战争的君主，必定会触怒民意，百姓痛苦不堪。
而朱允炆生性善良，适合安定百姓，治理天下，让百姓过上平静安稳的生活。
其次朱元璋作为父亲，历来皇帝都不愿见自己的儿子内斗，为了一个皇位而争抢的头破血流，是所有先帝不愿意见到的事情。
而朱棣称王之后，必定施用雷霆手段，打压其他兄弟，可能将其他兄弟分配边疆。而仁爱，孝顺的朱允炆肯定不会做出这种事情。
根据许多史料记载，朱元璋设计了一套自己的治国理念，他把所有的事情都安排好了，小到最底层的人，高到皇帝。都是永远的按照这样运营下去，立嫡长子，杀有威胁的功臣。朱标的死亡，不能打破朱元璋这一番心血。他实在不想自己这么多年的心血被浪费，所以直接将帝位隔一代给了朱允炆。