1、绩效审计意识薄弱
绩效审计在一个国家和地区受重视的程度，意味着这个国家或地区审计发展水平的高低。受传统思想的影响，很多人对绩效审计漠不关心，对什么是绩效审计、绩效审计审什么、如何审?一无所知，有的人认为绩效审计就是资本主义的东西，不适合咱们国家的经济发展状况。甚至还有的人认为，目前我国根本不具备进行绩效审计的条件，没有能力开展绩效审计。因为国内大部分人对绩效审计知之甚少，压根就不知道开展绩效审计对国家、企业的意义何在?因此，在一定程度上阻碍了绩效审计的发展。
2、审计法律法规制度不完善
1994 年颁布的《审计法》明确规定：“审计机关对国家宪法、法律法规范围的财政财务收支的效益性进行审计监督的职责。”2006年修订后的审计法、财政部、国资委等部门印发的《国有资本金绩效评价规则》、《中央企业综合绩效评价管理暂行办法》，以及 2010年修订的《中华人民共和国审计法实施条例》，明确确定了国有企业绩效审计评价的内容，包括：企业盈利状况、债务状况、资产状况和可持续发展状况等。这些文件的出台，为绩效审计工作的深入开展、规范企业绩效评价行为提供了有利条件。但是未专门提到国企绩效审计方面的具体问题，截至目前，各级国家审计机关对于国企绩效审计到底审什么、怎样审、如何衡量、审出什么问题等都尚不明确，急需一个全面、完整和系统的国企绩效审计的法律法规体系。
3、绩效审计仍偏重于对财务相关指标的审计和分析
从目前国有企业绩效审计的实践来看，绩效审计评价主要采用净利润率、资产负债率、资本保值增值率等常见的财务指标来评价国有企业的经营绩效。很多国有企业对管理绩效的评价尚未开始，即使已经开始，也主要从企业发展战略的确立与执行、经营决策、基础管理、人力资源、行业影响、社会贡献等方面进行定性分析和评判。[3]显然，这种做法已经无法满足各方对受托经营的公共财产经营绩效的了解需求。
4、绩效审计的审计力量缺乏
一方面，相比较而言随着市场经济的深入发展，国有企业经营战略发生转变，面临的经营更加复杂，绩效审计范围拓宽、内容增多，审计层次提高，目前的审计机关队伍难以胜任。另一方面，绩效审计的特性决定了其所涉及的事项，复杂、多学科知识交叉，需要审计人员进行大量的基础性工作。这些工作技术含量高、专业化程度高，需要一支对审计制度了解、熟悉审计政策并能够运用信息化手段处理审计业务的专业化队伍。
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