梅江，自发源地至梅州市大埔县三河坝，以古南琴江为正源，大致可分为三段：洋头河（南琴江）、琴江、梅江本干。
在五华县，琴江，古名右别溪，从登畲镇吉祥村入境，自西南流向东北，经龙村镇、梅林镇琴口村接纳中坝河（古称北琴江），始称琴江，再经安流镇、文葵、锡坑、横陂、水寨镇、五华县县城，在大坝大湖村与五华河汇合，流经油田新利出境至兴宁市，县内100公里，流域面积2871平方公里（县内1909平方公里），坡降1.1‰。1979～2000年，年均流量48.2立方米/秒。最大流量是1997年8月3日，为2710立方米/秒；最小流量是1991年6月6日，为2.4立方米/秒；最大洪水期是1997年8月3日，超警戒水位5.13米。主要支流（一级）有7条：北琴江（又名华阳河）、白泥河（又名优河）、周江河、洑溪河（又名平安河）、大都河、蕉州河、小都河。 兴宁市境内，梅江从五华县向东流经辖地的水口镇，纳宁江，始称梅江，再经下堡出境。过境河道长14.7公里，宽150～200米，流域总面积1831.11平方公里。
在梅州市区的梅城，梅江干流于梅州市梅县区畲江镇入梅县区。大致西北向东北，流经梅州市梅县区水车镇、梅州市梅县区梅南镇、梅州市梅江区长沙镇、梅州市梅县区程江镇，接入梅江区，接纳程江后，蜿蜒渡过梅州市区 的梅城，在梅州市梅江区西阳镇复入梅县区，在梅州市梅县区丙村镇汇石窟河，过梅州市梅县区雁洋镇，在梅州市梅县区松口镇的松南汇松源河于松口；在梅州市梅县区松口镇的松东介溪口折向东南流入大埔县。境内流长90公里，流域面积14060.9平方公里，平均河宽为200-250米，河床坡降为千分之0.59。由于上游水土流失严重，河床逐渐淤浅，机轮原可从梅城上行到五华、水寨，现除丰水期外，大部分时间不能行驶。正常水位低于河岸3-5米，不能利用自流灌溉。
在大埔县，梅江自梅州市梅县区雁洋镇蓬辣滩入大埔境。自西北向东南流经英雅镇那口、良江，相沿下流为车滩，又数里为蛟潭，又下为三河镇与北来的汀江相汇为韩江。大埔境内22公里，河床比降0.59‰。年最大流量6810立方米每秒，出现在1960年6月10日；年最小流量2.27立方米每秒，出现在1963年5月28日。水力资源丰富，尚待开发。
中坝河（古称北琴江），属韩江二级支流，位于本县东北部。发源于中坝镇岽山。自北西向东流经中坝、敬梓、水墩3个乡镇，流入五华县华阳镇，至梅林镇琴口村与洋头河（古称南琴江）相汇为琴江。县内干流长31公里，流域面积399平方公里，占全县土地面积的11%；河道平均坡降6.5‰，多年平均径流量为每秒10.3立方米。主要支流有水墩水，长36公里，流域面积152平方公里。全流域内有耕地6.4万亩，人口7.35万人；地形，干流为山间盆地，支流两岸为山地；植被较差，土壤多为花岗岩风化结构，水土流失较重，河道淤积严重。河道运输，只可通木排。
龙窝水，洋头河（古称南琴江）主要支流，发源于官山嶂，长28公里，流域面积193平方公里。河道运输，建国前，10吨以下小木船可通至洋头柘口，洪水季节可上溯至龙窝，1974年后断航。流域内共有耕地6.4万亩，人口6.66万人，地形多为山地。干流上游植被良好，支流龙窝水流域土壤大多为花岗岩风化土，且因采矿影响，水土流失较严重。
梅江水系流域面积1297.2平方公里，占全县总面积的54.1%。流域面积大于50平方公里的溪河有9条，分属松源河、中山河、下坝河3条干流。
象洞溪，一支源于中塅，经横岗、沾洋、东寨，至广东松源入松源河；又一支源于光采太原山，经廖屋、光采至松源入松源河。又一支源于白石顶，经光采至松源入松源河。流域面积为60平方公里，河道长14.5公里，落差344米，比降23.7%。
黄坊溪，源于龙尾磜、学昌，经小密、捷文、黄坊、小溪与东留溪汇合入中山河。流域面积为68.1平方公里，河道长21.1公里，落差106米，比降7.6%。
平川河，源于山坑尾、当风岭，经白莲塘、鱼溪尾、万安，汇石迳岭水于螃蟹垅，入田心古山，汇牛轭岭、云磜水合流至城区化龙溪，南流至麻姑墩，出三江口入中山河。流域面积为194.4平方公里，河道长29.9公里，落差550米，比降18.4%。云磜溪：源于梁野山麓西南坡，经云磜、汇园墩西北下流之水于东岗、东云入平川河。流域面积为61.3平方公里，河道长12.3公里，落差673米，比降54.7%。
文溪溪，源于天马山，经文、文溪、东背塘、凹坑，至太平麻姑墩出三江口。流域面积为67.8平方公里，河道长17.3公里，落差240米，比降13.9%。
中赤溪，上游主要支流有宁洋溪，源于象洞水竹塘，经中塅、月塘下(小坑水库)、宁洋、龙井入中赤溪；岩前溪，源于广东邻山，经大布、灵岩、伏虎、双坊、龙井入中赤溪；鲜水溪，源于龙嶂上，经叶坑、鲜水、李坑，汇处明溪入中赤溪。经上赤、中赤、下营、石营，汇下坝河入梅江。县境内流域面积375.5平方公里，河道长51.1公里，落差511米，比降10%。处明溪：源于十方的白土横岭，经白土、长培里、李坑，集合鲜水、黎畲诸流入处明，南下至上赤石鼓溪，汇岩前之水入中赤河。流域面积114.6平方公里，河道长19公里，落差680米，比降35.8%。 程江，南齐时(公元479至502年)为纪念本地乡贤程旻而命名。 发源于江西省寻乌县天子嶂西的兰峰，向南流入广东省境内，经平远县自西北进入梅县区境内的梅州市梅县区梅西镇，于丰田合溪里汇龙虎水，经梅州市梅县区大坪镇，于梅州市梅县区南口镇车破汇南口，梅州市梅县区水车镇，经梅州市梅县区扶大镇、梅州市梅县区程江镇穿梅州市区的梅城百花洲汇入梅江。全长94公里，流域面积718平方公里，坡降为2.68‰。流经丘陵山地，河下切侵蚀，河槽呈“V”字形。植被较差，水土流失较重，建有梅西等水库和坝后5座水电站。建国后，先后建有梅州市梅县区梅西镇的梅西水利、中型梅西水库及程江梯级电站，水电总装机容量9921千瓦。1973年在程江下游的长滩段和程江平原段进行河道整治(裁弯取直)，是梅县区开发利用比较充分的河道。
石窟河，又名中山河，源自福建武平县洋石坝，上流为东留溪，源于东门脑、南洞，经大阳桥、封侯、大明、小溪，汇黄坊溪及大联之水，经永福，又汇中山上峰之水，经武所、阳民、卦坑、福兴、大田、大成、石营、园丰，于河子口入广东。 经蕉岭县自北进入上杭县境白渡镇，向东南经梅州市梅县区丙村镇至梅州市梅县区雁洋镇东洲坝汇入梅江，流域面积3681平方公里，全长179公里，流经梅县区34.1公里，河宽一般为100-200米，河床平均坡降为千分之1.79。据《石窟一征》载，石窟河之名始于明末，当时江西、福建等地食盐均由广东输入，运输极为困难。明万历十一年(1583年)初，平远县令廖汝醒、黄郁桂等倡议凿石通航。接着由宋道、韩绍带领人马凿开大峰、剑门二滩为水道。尔后，由海防巡道郑岳和，潮州府事郭子章率众继续完成。因蕉岭县城东北约15里的地方多石窟，形状奇特，故明末称镇平县为石窟都，把境内凿通的河道名为石窟河。石窟河上游植被较好，河水较清，晴天在汇入梅江处，清浊可分。丰水期自梅州市梅县区白渡镇至梅州市梅县区丙村镇可通行机轮，枯水期可通行木船，是梅州市梅县区白渡镇至梅州市梅县区丙村镇、梅州市梅县区松口镇水运交通要道。全区境内范围河床低下，不能自流灌溉，沿岸装有抽水机。抽水灌田。年平均径流量30.58亿立方米，最大年径流量为1959年的58.54亿立方米，最小年径流量为193年的9.45亿立方米。
柚树河，源于平远县八尺乡梅龙寨，流经河头、坝头、热柘和蕉岭县的徐溪，于新铺镇新芳里注入石窟河。长89公里，流域面积989平方公里。因流经的热柘，原名柚树，故名。
松源河，源起福建上杭大平山，保安溪，源于福建省武平县象洞撑石顶南麓，聚象洞诸水后于窑上经广东蕉岭的茅坪、多宝，至东洋山纳入太平坑经载田之水，在岳古潭村进入下都保安村，复出广东梅州市梅县区松源镇、梅州市梅县区桃尧镇，与石磜溪汇合后流经梅州市梅县区松口镇松南，注入梅江。1970年广东蕉岭北磜乡在茅坪筑坝截流，跨流域引水至水上田建电站，影响上杭县下都保安村40千瓦小水电发电和农田灌溉，经交涉由广东赔偿下都砂睦20余万元，另建长安桥水电站。 流域面积642平方公里，河床平均坡降千分之4.85，全长77公里，年平均径流总量为3.75亿立方米，最大年径流量为1959年的8.74亿立方米，最小年径流量为1963年的1.44亿立方米。上游河段河岸较低，可筑陂自流灌溉，中下游河床落差大，水力资源蕴藏量比较丰富，可梯级开发和用，全河水电总装机容量722.7千瓦。 大埔境内属梅江一级支流的有阴那水、梓里水、良江水。
阴那水，阴那山山泉汇集之坑流，自坑尾经中村、下村，曲折北行至那口，注梅江。
