发生交通事故，报警后交警队作出事故认定书，员工的损失，先由对方机动车投保交强险、商业三者险的保险公司赔偿，协商不成，可以起诉；
员工不是交通事故主要责任的（负事故同等责任、次要责任、无责任），可以申请认定工伤，享受工伤待遇（医疗费、停工留薪期工资、经劳动能力鉴定构成伤残等级的还有：一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等），用人单位交纳工伤保险的，由工伤保险基金支付，否则由用人单位赔偿。
见：1、民法典第一千二百一十三条【交通事故责任承担主体赔偿顺序】机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人赔偿。
2、工伤保险条例第十四条 职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：（一）在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；（二）工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；（三）在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的；（四）患职业病的；（五）因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；（六）在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的；（七）法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。