第1个回答 2010-08-11
青山大叔终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国方面也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”（灰原哀）。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学."
第2个回答 2010-08-13
博士是坏人。。毛利是超人
还有，柯南的解药，竟然是爱的力量
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国**也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学."
第3个回答 2010-08-16
青山根本没说过结局，别听什么胡扯
这都什么年代了，消息也太滞后了吧，竟然还有人还认为阿笠博士是boss，以下是本人看到的一篇文章，并加上自己的理解（括号中的部分）的最新解析，青山说过boss已出现过了。
首先肯定boss是一个绝顶聪明人。以下例举？
工藤优作、本堂瑛佑（大智若愚）、黑羽盗一（失踪）、黑羽快斗、赤井秀一（生死不明，估计装死）、“灰原哀、妃英理”（都勉强够格）、琴酒、贝尔摩德，毛利小五郎（也许装傻），阿里博士（呼声最高），詹姆士探员，服部平次，白马探．
（以上不完全，补充远山刑警（远山和叶的爸爸）、波本，Mr正影（案件中提到的失踪名魔术师,可能与盗一有关），工藤有希子、白鸟任三郎、常盘荣策（TV 425 中组织暗杀目标的政敌） ）
谁绝对不可能？
本堂的父亲被组织杀害，且极不熟知内情，否则不会冒失的到医院找他姐姐，排除。
快斗只是个高中生，心理也不阴暗，成立不了那样恶贯满盈的组织，排除。
赤井，生前一直是组织的大敌，排除。
灰原千方百计脱离了杀害她姐姐的组织，排除。
妃英理，女人宠爱女人（苦艾酒），基本上不可能，PASS。
毛利小五郎，差点被gin杀掉。排除。
阿笠博士，但在<<侦探的镇魂歌>>当中,博士在ID炸弹即将爆炸时的一句话,证明他并非首脑. （我自己的补充：有人说阿笠的罗马音拼法类似《福尔摩斯》中的大反派莫里亚蒂教授的姓名。这是不正确的。莫里亚蒂的拼法是:Moriarty,日文拼出来则是モリアーティー，而阿笠博士则是Agasa，假名拼出来则是 アガサ。注意日文中人名写法和中文是不一样的，即阿笠的笠不是这么写的）
琴和贝尔摩德都是成员，BOSS应该不会自己出马执行任务，贝尔摩德更是将兰视作自己的天使，并存在着叛变组织的倾向，把柯南看作银色子弹，排除。
服部平次，感觉都不像。而且他曾经出现在GIN等人的面前，GIN没有反应。
白马探，常年不在日本。贝尔摩的给boss发邮件的事情证明，boss在日本，所以也基本可以排除。 （这点过于牵强，因为优作也长期在美国，照此优作一样不成立，但也认为他不可能）
还剩下谁？
工藤优作
推理能力远在新一之上，目前看来是柯南中最高智商的人。
作为作家自由支配的时间很多，有时间管理组织。
组织磁盘中有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒。
他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友
柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？
还有最大的疑问，灰原哀说过：你（新一）早在50年前，就在组织的计划中。50年轻新一还没出生，唯一的解释就是和优作有所关联。
（但我认为不可能 ，就凭一点，琴酒见过boss，工藤优作有这么有名，他不可能不知道他儿子新一，工藤优作是boss的话，从第一个故事就说不通，那毒药虽能变小不致死，但也是千分之几的概率，琴酒连boss的儿子也干杀，不是不要命了，就是优作允许的，但如果优作允许那柯南现在还会活着吗，还有这样做又有什么好处呢，同理有希子一样不可能是boss，记住分析时不要光被暗示所迷惑，而忘了分析对当事人来说，这做到底有什么好处。但这个人很可能与优作关系相当密切。）
黑羽盗一（个人认为盗一可能性极大）
他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教有希子。
boss的邮箱，和‘七个孩子’这歌有关。其信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛自然是黑羽。 而且，有一个细节可以参考。在‘奇异屋宇的大冒险’这一集的开头发现boss邮箱秘密，而在这一集的结尾，怪盗基德（我估计很可能就是盗一，父子像嘛，但这样柯南没被组织发现似乎又说不通了）意外现身，或许是青山有意埋下的伏笔。
在漫画《魔术快斗》的第一集中，黑羽快斗在17岁发现父亲的密室,知道了父亲的秘密.而且一个明显的问题，盗一是被杀死的,那为什么会有这个密室里面那盒说明自己基德身份的磁带?难道盗一未卜先知,知道自己会被人杀了,所以提前做好准备? （我认为这是有可能，盗一本来就聪明，就算发现自己被盯上可能死去留下遗嘱，也说得通，但关键是下一条）
基德所要对抗的那个组织如果和柯南寻找的黑衣组织是同一个。那么问题就再次出现，组织的一贯以心狠手辣，却放过了快斗，而且快斗要找的宝石，组织也在找。而且该死了八年的怪盗，再度复活，组织居然无动于衷，让人费解。（这一条个人认为最重要）
怪盗基德被称之为‘平次时代的亚森罗平’。亚森罗平是莫理斯·卢布朗笔下的侠盗。而在《怪盗亚森罗平》中， 他的父亲泰奥弗拉斯特·罗平并不像儿子想象的那样是个正人君子。（牵强）
在“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，确实诡异。（这可能也就合理解释了灰原哀说的：“新一你早在50年前，就在组织的计划中”的那句话。盗一可能很早就想看看优作的儿子会是怎样的，但为何要这么做呢，？）
工藤优作是盗一的朋友，推理能力之高。却在盗一死后八年仍没找出其死亡真相，难道另有隐情？
盗一一开始就很少正面出现，73（青山）也未明确盗一已死，只是失踪，漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为黑衣组织才销声匿迹，可能他通过这个组织把自己隐藏起来。
个人认为盗一可能性极大的重要原因，其实是依据多年看漫画的经验，像柯南这种漫画，boss一般要编的出彩，又要合情合理，有以下几个规律，
1.对读者来说印象深刻，基本都知道
2.读者对他似乎都有所了解，但仔细一想基本就是什么都不了解，了解的基本都是从他人口中叙述出来的东西，都非其直接形象
3.如果假设此人是boss，你会发现仍然猜不出他的作案意图，但又似乎怎么编目的都说得通，这是因为从给你的条件中真正对他特性发生限制因素很少
我自己的补充：
詹姆士探员
作为赤井秀一和朱蒂的上司，詹姆士也有奇怪的地方。例如他初登场时，柯南注意到他的名字和莫里亚蒂教授同名且生于伦敦，同时又来自曾经黑帮横行的芝加哥，而姓氏恰恰是英语的单词"黑"（全名James Black 詹姆士.布莱克）。之后詹姆士也有一些奇怪的行为。（但我觉得这基本不可能，除非赤井秀一完全不受这位上司的的管理，否则赤井不知死多少次了，但你认为这可能吗）
还是我那句话，分析boss时不要光被青山提示的暗语所迷惑，而忘了分析最重要的部分，他这样做到底有什么好处，这你的思路会清晰很多。
第4个回答 2010-08-11
2010年5月4日 正是<名侦探柯南>工藤新一的生日,小学馆再次接受记者采访,青山刚昌破天荒的透露了柯南结局的一部分,下面是采访的部分内容
记者:青山老师,您好!
青山:您好!(后面都已青代替)
记者:名侦探柯南已逾14载,先谈谈您这14年中,对<名侦探柯南>创作上的一些感想
青:首先感谢广大柯南FANS,有你们的支持,柯南才能逐步走向今天的成就.<名侦探柯南>创作至今,其艰难险阻不亚于柯南找寻黑衣组织幕后老大,哈哈.部分章节制作过程中,会涉及国内许多敏感人物和事件,所以创作过程中经常会斟酌再三.
记者:那目前在创作过程中的阻力是什么呢？
青:<名侦探柯南>已接近尾声,许多阻力已经排除了,哈哈.
记者:大家非常感兴趣的问题就是<名侦探柯南>的大结局,您能够透露一些吗?
青:哈哈,你想知道哪些方面呢?
记者:比如新一和小兰,还有幕后老大的情况
青:哈哈,按道理这是机密哦. (话锋一转) 工藤新一和毛利兰的结局非常圆满,黑衣组织的幕后黑手其实已在<名侦探柯南>播放至今的所有人物中出现过,不过我听说很多FANS猜是阿笠博士,哈,不对哦~<名侦探柯南>结局的创作上,我也曾经思考多次,最后还是去除一些角色,因为这部动画的受众不单单是小学生了,所以最终伤亡惨烈的结局,我想是可以给大家接受的.
记者:那您能说一下,哪些人物列入了"死亡名单"呢?
青:哈，到目前创作为止,即将离开<名侦探柯南>的是:铃木园子 水无怜奈 伏特加 白鸟任三郎 赤井秀一(最后是为救某人) 苦艾酒 这些人物会根据情节的发展,逐个离开.
记者:那小兰最终是否知道柯南就是新一了呢?
青:是的,小兰知道柯南是新一这部分创作的很精彩,我相信其场面与对话内容可说是<名侦探柯南>中最经典的一部分,请大家期待吧
记者:再谈一下剧场版的制作吧
青:哈,目前M15正在制作中，具体内容下半年会告知大家! 柯南的大结局在将来很有可能会以剧场版形式献给FANS们,如果大结局是剧场版的模式,那这部剧场版将破天荒的播映时间长达6个小时!
记者:谢谢青山老师的采访
青:哈哈,有时候太保密了对这部动画反而产生不好效果,透露一些,可以让大家更多的去浮想联翩本回答被网友采纳