他让皇子逃走，接着杀害了妃子和公主们，最后和太监逃到煤山自杀。李自成攻城时，朱由检第二天在煤山自杀。当天晚上，朱由检面临着国家的灭亡。京城里烽烟四起，到处是哭声、呼救声、将士们的斗殴声和无数炮火声。当时朱由检登上了煤山，想看看京城的情况，他看见京城已经战火连天，李自成想必很快就会破城而入。他叹了口气，回到宫中。他把皇后、妃子、皇子等叫了出来。首先，他安排皇子到宫外去。对皇后说让他自尽。接着他又命令其他妃子自尽。
皇后听完君王的话，沉默了很长时间，慢慢地回到自己的房间，然后上吊自杀了。朱由检又把几个女儿叫来，对她们说生在帝王家是她们的不幸，别怪他。朱由检拔剑杀了她们。长平公主看到朱由检带着剑向她走来，慌忙逃跑，结果左臂被切断倒在地上，失去了知觉。据说她并没有死，而且逃出了后宫。其实朱由检这样做有苦衷，看以前的历史就知道亡国公主的下场是悲惨的，所以朱由检不想公主们落到敌人手里。
接着，他走到宫殿，敲响了叫大臣集合的钟声，这时大臣们已经全部逃走了。朱由检等了很久也没有见到有人来，他沉默了。之后，朱由检带着剩下的几十名太监从东华门逃出去，在途中遇到了敌人，由于太监们不是敌人的对手，好多太监死了。之后，朱由检再次逃到齐化门，但守城的士兵已经不见踪影。由于门关了，朱由检他们打不开，于是他们又回到前门。这时他看到了城门上挂着三个白色的灯笼，这意味着李自成的大军已经进入了京城。
他叹了一口气，让太监们自己去逃命吧。但是，他身边的太监王承恩还坚持要留在他的身边，这让他很感动。当初他很讨厌太监，登基后不久就把魏忠贤赶尽杀绝，灭了阉党，打击了太监势力。如今的状况真是讽刺，忠心的大臣不在身边，只有太监陪着自己。两个人对视着，却没有说话。不久，他便带着王承恩再次登上煤山，最后俯瞰大明都城。朱由检咬破手指，在衣服上写下遗书。他最后选择了上吊自杀，王承恩也跟着他自杀。