增值税一般纳税人购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。其计算公式为，进项税额=买价×扣除率。
按照简易计税方法，依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人，取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
一是企业购进的农产品，取得的是一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口专用缴款书的，那么以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税税额为进项税额，在计算增值税时可以抵扣。
二是企业购进的农产品，是从简易计税法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人，取得的增值税专用发票的，在计算进项税时，不是按照3%的征收率计算扣除率，而是按照增值税专用发票上注明的采购金额和9%的扣除率计算进项税额。
三是企业购进的农产品，取得或自行开具农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。现实时，自行开具农产品收购发票的企业也很多，比如生猪屠宰企业，收购的毛猪，均是企业自行开具的农产品收购发票。税务机关对自行开具的农产品收购发票的管理也很严格。
四是企业购进的农产品，用于生产销售或委托加工执行增值税13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。企业购进农产品进项税额的计算公式：进项税额=买价*适用的扣除率。