基本没多大影响。员工如果因为与公司存在劳动争议而向劳动仲裁委申请劳动仲裁。则仲裁委受理后，公司将成为劳动仲裁的被申请人，需要参与到仲裁当中，并且受到劳动仲裁的裁决的约束。可能会需要对劳动者进行经济上的补偿、赔偿或其他。
法律分析
被申请了也不会影响公司的公信力，并不能说明公司就有违法与不良行为，不会因此纳入黑名单或受到什么处理。如果公司没有发工资，那么去劳动局，申请劳动仲裁，有可能会影响公司的诚信档案。也可以向劳动监察部门进行反映。企业确因生产经营困难、资金周转受到影响，在征得本单位工会同意后，可暂时延期支付劳动者工资，延期时间的最长限制可由各省、自治区、直辖市劳动行政部门根据各地情况确定。企业未及时向劳动者支付工资的，包括没有及时支付劳动合同约定的工资、加班工资和其他劳动报酬，劳动者可依法单方解除劳动合同并要求企业支付经济补偿金 ，同时用人单位仍有义务支付工资差额。企业没有支付相关费用的，由劳动行政部门责令企业限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿，也就是企业只要补付即可。
法律依据
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二十七条 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
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