苏州跟南京相比差距最大的是影响力。
论经济苏州GDP领跑江苏，这也是有目共睹的。
论文化南京六朝古都，苏州虽未曾建都却也逊色不多。
论地理位置南京有以南京为核心的南京城市圈，而苏州是从属与上海城市圈的。
论科教的科教机构及人员数量仅次于北京上海，这点苏州差距还是比较大的。
论政治南京是省会，苏州不是。
如果对以上没有异议，那么再看题主问的：哪个发展的更好？
目前来说南京苏州各有优劣，
但我认为现在是苏州，将来是南京。
一般而言，现代发达城市第三产业占GDP比重越高，经济结构越合理，也就更具有发展活力，南京第三产业占比远高于苏州，这是产业方面结构方面的优势，也是近年来南京相对于其他市快速发展的动力所在。
在经济方面，无论是根据统计数据显示的增长速度还是产业结构显示的增长潜力，南京都是优于苏州的。至于更深层次的问题，如苏州市县域经济发展创新乏力以及苏州市整体对外资的过度依赖等等因素，在此不再一一展开。
在文化方面，苏杭自古便是大量才子佳人传说的诞生之地，苏州有吴侬软语，园林刺绣，在文化上确实是极其有特色，有传承，且其传统文化与现代文明结合的浑然天成，这是苏州文化的亮点，但这过于单薄远不够支撑苏州成为江苏的文化中心。
而南京在文化方面相对苏州仍有较为明显的优势。在政治上南京历史上多次成为全国的首都，苏州则多是地方首府；军事上南京从古至今发生过多次著名战争，而苏州从未成为兵家必争之地。其他的生活方式上的文化，由于南京历史上多次经历人口大规模迁移和成分变动，未能形成较为有特色的生活文化，如方言、生活习惯等等，但这并不妨碍其文化地位。
文化方面不必过多对比，查看江苏各市政府网站，敢自称文化中心的除了南京还有谁？
另外研发中心、院所数量等等方面南京是远高于苏州的。
但是啊，苏州最宝贵的地方不在于GDP第一，也不在于吴侬软语，更不在于园林，而在于这个城市的管理层，苏州市政府以及张家港、昆山等地的政府部门官员，仅凭个人印象而言，多是精干、务实的，从苏州市跟经济和科技发展相关的一些政策上来看，也是相当有前瞻性且很务实的，但是苏州在科技方面的环境和根基相对还是薄了些，发展增速也受到不小的影响。在这一轮的产业结构调整中苏州将重新回到其历史定位之中，但是有这样一群城市领导者，苏州就算不再拔尖，也不会差。
南京坐拥很多资源，也有很大的发展优势，但跟苏州相比，本地官僚集团相对要缺乏远见，一二把手也多是急于捞政绩，因此发展上经常走弯路。但实在家底子太好，亲爹又疼爱，发展上倒也没落后太多，还有逆袭之势。如果照这个样子好好发展下去，势必要重回江苏第一的位置，但是谁又能肯定呢？
作者：电子没电了
来源：知乎
南京尽管经济不及苏州，但综合实力在全国来说是最接近北京、上海的城市，教育、科研、交通、医疗、高校、工业等方面都是国内一流水准，即便是收入水平在全国也仅次于北上广深苏杭而已，几乎是一个没有明显短板的城市。以各方面指数均衡性来说，南京的全面是成都、天津也难以比拟的。
很多人现在比较城市都是以GDP论英雄，这是严重失真的比较方式。城市所谓的发达是什么？GDP总量大，人均GDP高，这只是衡量城市实力的重要参照，但发达是指多方面的。像南京这类城市，建城初期的定位就很高，基础配套和资源配置都是高标准。就比如江苏省内商业中心指数最高的城市是南京，金融中心中心指数最高的是南京，交通枢纽指数最高的也是南京。江苏人不论到医院看疑难病症，还是高考填志愿，再或者乘坐国际航班，南京的优先级都远高于苏州。此外，南京的城建级别也是遥遥领先于苏州的，苏州是县域经济型城市，县级市的发达城市远在南京辖属县区之上，但苏州市区的发达程度远不及南京市区，尤其轨道交通和商业繁荣度，比较一下两市的市区交通水平和商品零售业额度就立见高低。本回答被网友采纳
第四名：常州市，指数61。是江苏省地级市，是长江三角洲地区中心城市之一、先进制造业基地和文化旅游名城， ，江苏长江经济带重要组成部分，与苏州、无锡构成苏锡常都市圈。
第三名：苏州市，指数76。是国家历史文化名城和风景旅游城市，国家高新技术产业基地，长江三角洲城市群重要的中心城市之一，2016年1月，苏州被住房和城乡建设部评为首批“国家生态园林城市”。
第二名：无锡市，指数84。位于江苏南部，地处长江三角洲平原、江南腹地，太湖流域。是长江经济带、长江三角洲城市群的重要城市，无锡是中国民族工业和乡镇工业的摇篮，是苏南模式的发祥地。
第一名：南京市，指数100。是江苏省会、副省级市、南京都市圈核心城市，国务院批复确定的中国东部地区重要的中心城市、全国重要的科研教育基地和综合交通枢纽，是长三角及华东唯一的特大城市