国民政府的军政部由部长总揽全局，其职务由部长担任，政务和常务次长作为副手，协助处理各项事务。
军政部内部设有陆军、海军（1928年独立）、航空（1934年独立）署，以及军需、兵工等重要部门。审查处和总务厅作为核心支持部门，同时设有各种专门委员会，委员由部长委任或指定。
1928年和1934年，海军署和航空署独立，军政部的职能聚焦于陆军行政管理。然而，1932年初，南京政府成立军事委员会，直接隶属于国民政府，导致军政部的实际权力削弱，变为象征性的存在。
1938年1月，军政部进行了重大调整，增设了军务、机械化、马政、交通、军法等司，以及兵役、军医等署。这些新增部门负责管理各战区的司令部、兵工厂、军医院、军牧场以及军事监狱等军事设施。
遗憾的是，1946年5月，军政部被裁撤，最终改设为国防部，结束了其在军事行政管理中的历史角色。[2]
1928年11月11日，军政部成立。其前身为原军事委员会军政厅。掌管全国陆海空军行政亭宜，隶属国民政府行政院。由冯玉样任部长，张群任政务次长，鹿钟麟任常务次长。1929年4月，政务次长张群调任他职，改鹿钟麟为政务次长。5月，因编遣会议流产，蒋、冯关系紧张，冯玉祥离职，鹿钟麟代理部务。 1930年3月，特任何应钦为部长。1932年1月，国民党政府在洛阳恢复军事委员会，军政部除隶属于行政院外，同时又隶属于军事委员会。军政部长同参谋总长、训练总监部总监、军事参议院院长、海军部部长一样，为军事委员会当然委员。