济南市环境保护局的行政编制包括机关工作人员，总数为54名。其领导层配置如下：局长1名，副局长设有4个职位，同时还有一位级别为副局级的总工程师。在管理层级中，设有11名处长（主任）和12名副处长（副主任）。此外，为了支持日常运作，机构允许配备4名工勤人员。
关于党的组织、纪检监察、工会、共青团和妇女工作等内部机构，济南市环境保护局会按照相关法规和规定进行设置和人员配置。这些机构的职责和人员配备是为了保证机构的正常运营和各部门之间的协调工作。
根据省委办公厅、省政府办公厅《关于印发〈济南市人民政府机构改革方案〉的通知》（鲁厅字〔2009〕50号）和市委、市政府《关于济南市人民政府机构改革的实施意见》（济发〔2009〕17号），设立济南市环境保护局，为市政府工作部门。