赣江源自然保护区的由来始于1983年，南昌职业技术师范学院地理系学者安阳的实地考察，他得出结论，赣江发源于石城县境内的武夷山南段石寮岽。1995年《江西省志》进一步证实，赣江上游以贡水为主，石城县石寮岽为赣江的源头，全长255公里，流经多个县市，全长766公里，流域面积占全省的2/3。
2000年，“赣江源科学考察小组”确认石寮河为赣江的源河，1号泉为赣江源头，位于东经116°21′40″，北纬25°57′48″。石城县对石寮河流域进行详细调查，确定其面积4.235平方公里，其中石城县境内2.585平方公里，瑞金境内1.65平方公里。2001年，“石城赣江源县级自然保护区管理站”成立，2004年江西省人民政府批准建立“石城县赣江源省级自然保护区”。2008年，保护区范围和功能区划进行了调整，总面积扩大至16100.85公顷，分为核心区、缓冲区、实验区三个区域，调整后保护区更名为“江西赣江源省级自然保护区”。
保护区自然环境独特，地处中亚热带，具有典型的亚热带湿润季风气候，年平均气温17.5℃，全年无霜期246天，年均日照数1942小时，年均降雨量2100毫米。群山连绵起伏，地貌复杂，水质清澈，达到国家I类水质标准。区内生物多样性丰富，高等植物有78科145属，其中一级保护植物有伯乐树、南方红豆杉等，二级保护植物有香榧、半枫荷、花榈木等。
野生动物资源丰富，有兽类、鸟类、两栖类、爬行类、鱼类等4纲18目101种，其中一级重点保护动物有豹、云豹、蟒蛇等，二级保护动物有穿山甲、虎纹蛙等。保护区历史、人文景观丰富，包括江福亭、客家村落、手工造纸作坊遗址等。
赣江源保护区不仅自然资源丰富，而且具有独特的文化价值。保护区周边有宋宝福院塔、太平天国幼天王洪天贵福囚室、小松杨村亭式坊、清永宁廊式古桥、客家民居等文化古迹。此外，保护区还是“客家摇篮”之一，客家文化源远流长，保留有客家方言、习俗、饮食、民居等。
神农氏农业位于江西省省级自然保护区——赣江源自然保护区，主要供应白莲、小米椒、芋头、冬笋（笋干）等经济作物。公司致力于帮扶弱势群体，提供种苗、培训和技术知识，帮助他们实现就业和增收。神农氏农业正向规范化、规模化、现代化、产业化方向发展，欢迎各界洽谈合作、团购等相关业务。
赣江源自然保护区位于石城县横江镇南部。1983年经江西省师范大学地理系学者安阳认定石城县横江镇为赣江源头。西毗宁都县，北靠广昌县，南抵瑞金市及福建省长汀县，东邻福建省宁化县。2000年“赣江源头”科学考察组进一步确定，该县横江镇赣江源村的石寮河为赣江的发源地。2004年被省政府批准为省级自然保护区。保护区规划面积16500公顷，区内古木参天，林海连绵，山势陡峭，沟壑纵横，溪流瀑布随处可见，每年能为赣江提供1000万立方米的国家Ⅰ类水，动植物资源十分丰富，珙桐、银杏、红豆杉、楠木等珍稀树种有30余种。