税务局查公司的税主要是通过一系列法定程序和手段，对公司的财务报表、纳税记录、经营活动等进行全面核查，以确保公司依法纳税，维护税收秩序。
一、税务登记与申报资料核查
税务局首先会核查公司的税务登记情况，确保公司按照规定办理了税务登记，并获得了税务登记证。同时，税务局还会对公司的纳税申报资料进行审查，包括纳税申报表、财务报表、凭证账簿等，以核实公司是否按照税法规定及时、准确地申报纳税。
二、现场检查与实地调查
税务局有权对公司的经营场所进行现场检查和实地调查。在现场检查中，税务局会查看公司的生产经营情况、财务状况、存货情况等，以核实公司的实际经营情况与申报资料是否一致。此外，税务局还可能对公司的供应链、销售渠道等进行调查，以了解公司的业务模式和盈利情况。
三、数据比对与风险评估
税务局会利用税收征管系统对公司的数据进行比对分析，包括与同行业、同地区企业的数据对比，以及与公司历史数据的对比。通过数据比对，税务局可以发现公司可能存在的异常情况和风险点，进而进行针对性的核查。同时，税务局还会对公司的纳税信用进行评估，对信用等级较低的公司加强监管和核查力度。
四、税务稽查与专项检查
如果税务局在核查过程中发现公司存在涉税问题或疑点，会进一步开展税务稽查或专项检查。税务稽查是对公司纳税情况进行全面、深入的核查，包括对公司账簿、凭证、合同等资料的详细审查。而专项检查则是针对某一特定涉税问题进行的专门检查，如增值税发票管理、企业所得税税前扣除等。
五、处理与处罚
对于核查发现的问题，税务局会依法进行处理。如果公司存在少缴、漏缴税款的情况，税务局会要求公司补缴税款并加收滞纳金。对于故意逃税、抗税等严重违法行为，税务局会依法进行处罚，并将相关情况移送司法机关处理。
综上所述：
税务局查公司的税主要是通过税务登记与申报资料核查、现场检查与实地调查、数据比对与风险评估、税务稽查与专项检查等手段，对公司的纳税情况进行全面核查。这些措施有助于确保公司依法纳税，维护税收秩序，促进经济的健康发展。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第五十四条规定：
税务机关有权进行下列税务检查：
（一）检查纳税人的账簿、记账凭证、报表和有关资料，检查扣缴义务人代扣代缴、代收代缴税款账簿、记账凭证和有关资料；
（二）到纳税人的生产、经营场所和货物存放地检查纳税人应纳税的商品、货物或者其他财产，检查扣缴义务人与代扣代缴、代收代缴税款有关的经营情况；
（三）责成纳税人、扣缴义务人提供与纳税或者代扣代缴、代收代缴税款有关的文件、证明材料和有关资料；
（四）询问纳税人、扣缴义务人与纳税或者代扣代缴、代收代缴税款有关的问题和情况；
（五）到车站、码头、机场、邮政企业及其分支机构检查纳税人托运、邮寄应纳税商品、货物或者其他财产的有关单据、凭证和有关资料；
（六）经县以上税务局（分局）局长批准，凭全国统一格式的检查存款账户许可证明，查询从事生产、经营的纳税人、扣缴义务人在银行或者其他金融机构的存款账户。税务机关在调查税收违法案件时，经设区的市、自治州以上税务局（分局）局长批准，可以查询案件涉嫌人员的储蓄存款。税务机关查询所获得的资料，不得用于税收以外的用途。
《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》
第八十六条规定：
税务机关行使税收征管法第五十四条第（一）项职权时，可以在纳税人、扣缴义务人的业务场所、货物存放地检查纳税人、扣缴义务人的账簿、记账凭证、报表和有关资料；可以检查扣缴义务人代扣代缴、代收代缴税款账簿、记账凭证和有关资料。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考