幽门螺杆菌的检查方法有多种。
在医院里目前常用幽门螺杆菌的检测方法可以大致分为侵入性检查与非侵入性检查两大类。
1、抽血检查：这种方法主要是通过抽血检查幽门螺杆菌抗体多少来判断幽门螺杆菌感染，总的来说是不太准确的。因为幽门螺杆菌寄生于胃黏膜的表面，一般是不会进入血液的，并且患者在治愈之后，血中幽门螺杆菌抗体仍会存在1到2年的时间，这段时间内抽血会出现假阳性结果。
2、C13和C14尿素呼气试验：由于C14对人体、环境有污染，同位素服用后在人体不会被衰退（全部衰退期有6万年），所以该法不适于孕妇和儿童。C13无放射性，不会污染环境，该法需要服用相应的C13标记的尿素，其敏感性和特异性较高。所以，C13呼气试验检测已被公认为目前检测幽门螺杆菌的常用的有效方法。
3、唾液检测法：用唾液测试板检测，间接检出幽菌抗原，测定尿素酶敏感性及特异性，该法针对性强，简单安全而且费用低，很适合初查和复查选用。
4、胃镜及胃黏膜活检：其特点是组织学检查病理切片精确度高，快速尿素酶试验化学反应精确度低，由于该法属于一种侵入方式，胃内的幽门螺杆菌成灶状分布，有可能取到的黏膜部位没有细菌，错过诊断，造成假阴性，并且费用高，故有些患者比较排斥，不适用于普查。
总之，幽门螺杆菌检测主要包括侵入性检查与非侵入性检查两种。抽血检查、C13和C14呼气试验、唾液检测法为非侵入性检查，而胃镜及胃黏膜活检属于侵入性检查。