清太祖努尔哈赤是一位女真族的杰出领袖。他是后金汗国的建立者，杰出的政治家和军事家。在他的努力之下，原本分散的海西、建州、黑龙江等各个部落逐渐统一起来。他创建了八旗制度，使女真的经济、文化有较快的发展，为清朝进兵关内统一全国打下了坚实的基础。这样一个伟大的人物，关于他去世的原因却有好几种讲法，成了历史研究中的一个疑点。
长期以来，关于努尔哈赤的死因，最为多见的是讲他在攻打宁远(今辽宁省兴城县)与明朝军队的作战中为明军炮火所击，身负重伤，不治而死。最早提出这个看法的是日本一个叫稻叶君山的学者，他根据朝鲜使团翻译韩瑗在明军战场上见闻的记载，认为女真在攻城时，遭到了明朝袁崇焕指挥的士兵顽强抵抗，当女真人冲到城墙脚下时，明军一齐放炮，只见炮火中女真人人马腾空，土石俱扬，死伤无数，努尔哈赤也身负重伤，回去后忧恚而死。这种观点得到了许多人的认可，在20世纪五六十年代出版的一些历史书中都赞同这种观点。
但也有人持不同的看法。孟森早在二十世纪的三十年代就认为清太祖死于宁远之战是不确切的。他翻检了大量原始资料，认为在一些主要的史书中均不记载努尔哈赤中炮受重伤的事情，相反在《通纪辑要》中谈到努尔哈赤是“疽发背死”。不过他的这篇文章直到八十年代才发表出来，所以这种观点到八十年代以后受到了大家的重视，得到戴逸、商鸿逵、李鸿彬等学者的支持。他们认为努尔哈赤与袁崇焕率领的明军作战是在1626年的正月，多次攻宁远不胜，于2月回到沈阳。5、6月间还有对朵颜三卫用兵及与科尔沁结盟的事情，活动较多，说明他根本没有受伤，更谈不上受重伤。他患的病当时也称为“肉毒病”，即俗称的“搭背疮”，一种毒疮，是老年人的危难大症，在当时的医疗水平之下是极难治愈的。时年努尔哈赤已六十八岁，得这样的病是十分危险的。宁远战败，是对明战争以来的第一次挫折，而且损失巨大，他心中极不高兴，整日情绪郁忿，这都可能是他的发病原因。这年八月十一日，疽发而死，葬于沈阳福陵。
持这种观点的学者对受重伤的说法进行了驳斥，认为是否有韩瑗这个人，即使有这个人，他是否亲眼见到努尔哈赤受伤，都是值得怀疑的。既然朝鲜译官在宁远战斗中是在明军最高将领袁崇焕的身边，而袁崇焕还带了他到后金阵地上进行察看，那么译官看到的战况袁崇焕本人应该更加清楚，但努尔哈赤身负重伤这样一个对明朝而言极为重大的胜利，对明朝上下来说照例应该大书特书，以激奋军民的情绪和保卫辽左的决心，为什么袁崇焕本人屡次给朝廷的报告中并没有提及，朝臣们庆贺宁远大捷的奏疏中也只字不提？再者，从宁远败退到死去共八个月的时间，努尔哈赤根本没有医治疗伤，相反去试演火器，挑选军士，准备再次进攻宁远，这样的活动，绝对不是身受重伤的病人能做的事情。清朝最早的一部原始资料《满文老档》和《清太祖实录》都说努尔哈赤死于疾病，并没有说他受了重伤。
到底是病死还是受伤而死，上面二种观点都是各说各的。这时又出现了第三种看法，认为受重伤是事实，但后来转化成痈疽。他们认为这场战争中，努尔哈赤率十三万大军攻打宁远，但想不到袁崇焕明军的抵抗空前顽强，而且发射西洋大炮，使后金死伤惨重，努尔哈赤自己也身受重伤，被迫解围而退。努尔哈赤一向用兵谨慎，从不轻易出战，一定要有胜利的把握才发动进攻，尤其是对明军作战，每战必胜。原本以为宁远城是用不着花费多大力量就能够占领的，但他过低估计了敌人的力量，以致挫败。这一仗的失败，完全出乎他的意料之外，对他的刺激很大，他恚愤交集，百思不得其解。这年八月，他创伤未愈，又突然得了痈疽，这才是他真正的死因。这种观点把受伤与忧愤成疾连到了一起，实际上是上述二种看法的折衷。
由于袁崇涣部将周文郁《边事小纪》这样的可信度较高和可以直接征引的史料在记录宁远之战上出现了阙文，《满文老档》这样的原始资料仅说是得了病，但语焉不详，这使得关于努尔哈赤死因的直接记载比较缺少，而我们得出的观点大多数是根据转手资料，产生不同看法在所难免，因此这个谜底至今还是无法解开。