根据上述职责，市国土资源和房屋管理局设12个职能处室：
（一）办公室（挂行政审批办公室牌子）
组织协调局机关日常工作；负责局机关文秘、信息、会务、接待、保密、安全保卫、档案、史志、政务督查等行政管理工作；负责全局目标责任考核工作；统一承担本部门行政许可和非行政许可审批事项的办理工作。
（二）政策法规处（挂信访处牌子）
组织起草国土资源、房屋、测绘和物业管理地方性法规、规章草案及有关政策；承担局机关规范性文件合法性审核工作；推进全局依法行政工作；综合协调全局法规调研工作；负责全局对外宣传和普法宣传工作；承办行政复议、行政诉讼有关工作；组织办理人大代表建议、政协委员提案。
负责全局来信来访的登记、分办和督促检查；接待群众来访，分析来信来访中反映的重要情况和倾向性问题；负责牵头组织全局维护稳定工作。
（三）规划处
牵头研究分析全市国土资源形势，提出国土资源供需总量平衡的政策建议；参与全市宏观经济运行及相关改革研究；组织编制全市国土资源和房屋等方面的综合规划和专项规划；依法指导和审核区、市相关规划；编制土地利用计划并监督实施；参与农用地转用的报件审查；组织研究有关国土资源的区域和城乡统筹协调、综合利用及循环经济政策措施。
（四）财务审计处
组织编制局机关财务预、决算；负责局机关财务、会计业务事项及财务管理工作；负责局机关及所属单位的财务和固定资产管理的规章制度建设；负责局机关的国有资产管理工作，指导所属单位的国有资产管理工作；负责征收土地出让金等非税收入；负责所属单位的内部审计和监督工作。
（五）市场监管处
监督管理国有土地使用权转让、抵押；负责房地产估价师、经纪人等相关行业专业培训；定期发布各类房屋的重置价格和房地产市场指导价格，公布土地出让成交价格；负责组织基准地价、标定地价的评测工作；指导土地评估价格备案管理；负责房地产交易统计和市场态势分析。
（六）权籍管理处
监督指导城镇、农村土地房屋确权、登记发证工作；调查处理重大土地、房屋权属争议；指导城镇、农村土地房屋权属纠纷和遗留问题的调查处理；拟订地籍房籍调查管理的技术规范；指导区（市）土地、房屋管理部门房地权籍管理工作；组织开展土地资源现状调查、动态监测、地籍房籍权属调查、变更调查及统计；负责建立全市地籍信息系统。
（七）耕地保护处
参与拟订耕地保护、土地整理、土地复垦和开发政策；负责基本农田保护和土地整理、复垦、开发工作；承担耕地保护责任目标考核有关工作；监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；指导、监督全市农用地转用、征收工作，承办农用地转用、审核报批工作；负责农村集体建设用地使用权流转工作。
（八）土地利用管理处
负责全市建设用地政策实施的调研、业务指导和归口管理；负责全市各类建设项目节约集约用地控制指标的落实及考评；会同有关部门组织编制建设用地年度供应计划并监督检查；负责建设用地供应情况的统计和上报备案工作。
（九）地质矿产管理处
负责全市矿产资源储量管理；负责矿产权、采矿权管理；负责矿产资源勘查、开发利用与保护的监督管理；负责地质遗迹保护工作；负责建设用地地质灾害危险性评估的认定管理；指导矿山地质环境影响评价报告（或说明书）的审核、备案和纳入建设项目环境影响评价报告书的衔接工作；组织、协调、监督全市地质灾害防治工作；组织实施全市重大地质灾害等国土资源突发事件应急预案；负责全市古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的监督管理；组织监测、监督防止地下水过量开采引起的地面沉降和地下水污染造成的地质环境破坏。
（十）住房保障和房政管理处
负责全市住房保障和房政管理工作，指导并归口管理区（市）的业务工作；负责全市住房保障和供应体系建设及保障性住房的管理工作；组织实施全市住房制度改革；监督管理危、破、陋住房改造；负责房产管理基础数据统计及分析；负责市内四区国有直管房产的产权产籍管理，依法管理国有直管房产；指导监督房产经营管理单位；负责落实私房政策；负责房屋租金政策调研；拟订全市房屋技术标准和规范并组织实施、检查监督；负责房屋质量、房屋设备检测的技术规范管理和安全管理；协调全市房屋防汛救灾工作；负责房屋使用、修缮、再装修的行政管理；配合有关部门保护文物建筑、优秀建筑；负责房屋安全鉴定机构资质及从业人员执业资格管理；负责白蚁防治工作；负责全市房屋维修资金的归集、使用和监督管理；承担物业监督管理职责。
（十一）科技信息处
负责全局信息化和电子政务建设；拟订信息化建设总体规划及年度计划；负责备案区、市级国土资源房屋管理信息化规划、计划和重大信息化建设工程方案；负责全局重大信息工程的立项、组织协调、监督检查工作。负责局机关门户网站及业务网站的规划、建设、管理、维护，以及网上服务资源管理；编制实施全市国土资源、测绘、房屋、住房保障和物业管理科技发展规划；组织实施重大科技项目和科技成果推广应用；承担国土资源科技成果管理工作；负责综合统计和局内专业统计归口管理。
（十二）组织人事处
负责局机关及所属单位党的建设、精神文明建设、思想政治工作；负责局机关及所属单位干部人事、机构编制、教育培训等工作；负责统战、侨务、民族宗教事务、计划生育等工作；负责干部监督与人事争议调解工作；承办因公出国(境)政审工作；负责系统内相关行业职业资格管理，指导行业社团组织。
离退休干部工作处
负责局机关离退休干部管理服务工作，指导局直属单位的离退休干部管理服务工作。
按规定设置纪委（挂监察室牌子）、机关党委、工会和团委。
