你好！正常来说辞工是不会有扣两个月工资的，这是不合理的，但是辞工的时候建议要看看劳动合同中是怎样写的，一般来说都是以劳动合同为准！
劳动者自动离职，用人单位克扣劳动者一个月的工资是违法的，如果因为劳动者的离职给用人单位造成一定损失的，用人单位是可以要求劳动者进行一定赔偿的。
对于用人单位无故克扣其工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉或者申请劳动仲裁。
《中华人民共和国劳动合同法》第九十条
劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
《工资支付暂行条例》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
如果未及时支付工资，有两个途径可以要求支付工资：
1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉;优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大;
2、可以到当地劳动局申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，还可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决;缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
法律依据：各省的工资支付规定。例如：
《广东省工资支付条例》第十三条 用人单位与劳动者依法终止或者解除劳动关系的，应当在终止或者解除劳动关系当日结清并一次性支付劳动者工资。
《山东省企业工资支付规定》第三十三条 企业与劳动者依法解除、终止劳动合同的，企业应当在解除或者终止劳动合同时一次性支付劳动者应得的工资。
自动离职公司扣掉一个月工资合法吗?建议员工遇到任何事情都不要去自动离职，你不想要做可以辞职，不然白被公司扣工资也无法维权。
参考：
http://china.findlaw.cn/laodongfa/ctjg/