南疆和北疆都属于温带大陆性气候，但两个地区的气候不论是在气温方面还是在降水方面都有很大的差异：
一、南疆比北疆更加干旱
(1)纬度位置差异：南疆地区比北疆地区纬度低，所以地面接收的太阳辐射量比北疆多，在同一季节比北疆气温高，蒸发更旺盛。
（2）地形差异：南疆地区四面环山，地形封闭
（3）大气环流：由于南疆地区以上特有的地形特点，使其既受不到三圈环流高空西风的影响，也受不到季风环流夏季东南季风的影响。所以全年降水稀少，气候更加干旱
二、北疆比南疆湿润的原因
（1）北疆比南疆地区纬度高，所以地面得到的太阳辐射比南疆少，气温较低，蒸发较弱。
（2）北疆地区地形成喇叭状向西敞开，地形成半环状分布。
（3）西部缺口有利于来自大西洋的湿润气流和来自北冰洋地区湿润气流的深入，受到地形抬升作用，在天山北坡和阿尔泰山南坡地形雨较多。所以北疆气候更湿润一些。