跨区不动产租赁预交增值税操作，
在电子税务局里面填写，跨区税源申报表，选择异地出租预缴增值税申报表，根据租金填写申报表，保存提交申报，然后扣款。
（一）一般纳税人：
（1）一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产，不动产所在地与机构所在地不在同一县（市、区）的，纳税人应向不动产所在地主管国税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。不动产所在地与机构所在地在同一县（市、区）的，纳税人向机构所在地主管国税机关申报纳税。
应预缴税款计算公式：
应预缴税款＝含税销售额÷（1+5%）×5%；
（2）一般纳税人出租其2016年5月1日后取得的不动产，不动产所在地与机构所在地不在同一县（市、区）的，纳税人应按照3％的预征率向不动产所在地主管国税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。不动产所在地与机构所在地在同一县（市、区）的，纳税人应向机构所在地主管国税机关申报纳税。
应预缴税款计算公式：
应预缴税款＝含税销售额÷（1+11%）×3%
一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产适用一般计税方法计税的，按照上述规定执行。
（二）小规模纳税人：
（1）单位和个体工商户出租不动产，不动产所在地与机构所在地不在同一县（市、区）的，纳税人应向不动产所在地主管国税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。不动产所在地与机构所在地在同一县（市、区）的，纳税人应向机构所在地主管国税机关申报纳税。
除个体工商户出租住房外，应预缴税款计算公式：
应预缴税款＝含税销售额÷（1+5%）×5%；
个体工商户出租住房，应预缴税款计算公式：
应预缴税款＝含税销售额÷（1+5%）×1.5%；
（2）其他个人出租不动产，向不动产所在地主管地税机关申报纳税。