目前的主要区别在于是否招收本科生，苏州校区根据已有消息显示是仅招研究生的，自然也无法用高考的批次线来划分。
苏州校区目前是仅招收研究生的校区，其意义在于将完整的高教体系带到苏州，加强产学研合作，实现共赢，是无法横向和东南大学本校区比较的。
东南大学，简称“东大“，本部位于南京 ，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，中央直管副部级建制，是国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校 。
东南大学拥有十一个双一流建设学科，包括材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程等，其中土木、建筑、交通类学科群一直都是A+的水平，电子信息也是强势学科，保持A的水平。近年来兴起的智能建造、智能医学工程、智能感知工程、机器人工程、人工智能专业、网络空间安全专业等专业也都在飞速发展，且位于全国发展前列。此外还有仪科、自动化、电气（这些也是归大电类）以及材料等强势工科、能源与环境、机械、化工等实力不差的传统工科，都在不断发展进步。
东南大学校内既有本科生，还有研究生。目前，学校全日制在校生共36277人，其中本科生16200人，研究生20077人。同时，还包括一部分留学生。东南大学苏州校区目前则只培养研究生，截至2020年9月，学校在校全日制硕士研究生达1700余人，累计招生4300余人。
东南大学现有34个院系、83个本科专业。
东南大学苏州校区目前则仅设有10个专业，分别为软件工程、计算机技术、人工智能及应用、工业设计工程、交通运输工程、英语笔译、国际商务、建筑与土木工程、动力工程、健康数据与科学等。
除此之外，东南大学苏州校区目前还有东南大学苏州研究院、东南大学软件学院（苏州）、东南大学国家大学科技园（苏州）、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究院、东南大学技术转移（苏州）中心等多家机构。
由此可见，东南大学苏州校区和本部相比还属于一个办学不久的“新校区”，综合实力以及办学规模等都有待进一步提升。
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